В 1965 г. в Афинах был издан первый труд Иоанна Зизиуласа – «Единство Церкви в Божественной Евхаристии и епископе в первые три века» (диссертация на соискание учёной степени докторра богословия). Выводы, представленные в монографии, в ряде важных аспектов приближаются к узловым положениям «евхаристической экклезиологии» протопресвитера Николая Афанасьева, с работами которого Иоанн Зизиулас ознакомился уже после публикации своего исследования. Иоанн Зизиулас анализирует исторические свидетельства первых веков христианства, реконструируя жизнь древних евхаристических общин и структуру их служений, особенно епископского; разбирает такие вопросы экклезиологии, как соотношение епископского и пресвитерского служений, епархии и приходских общин, множественности поместных церквей и единства церкви. Свидетельством богословского интереса к работе служат, в частности, её переиздание (1990 г.) и выход в свет французского (1994 г.) и английского (2001 г.) переводов. В 1981 г. вышла книга Иоанна Зизиуласа «L'Être Ecclésial» («Бытие Церкви»), в основу которой легли шесть изданных ранее статей автора. Особенно широкую известность приобрёл опубликованный в 1985 г. сборник «Being as Communion: Studies in Personhood and the Church» («Бытие как общение: Очерки о личности и Церкви»), в состав которого вошли заново отредактированные и дополненные пять из шести статей сборника «Бытие Церкви», а также переводы (с испанского и немецкого языков) двух статей Иоанна Зизиуласа по православной экклезиологии. Вопросы учения о церкви и человеке рассматриваются здесь через призму триадологии и христологии. Обращаясь к таким реалиям, как смерть, свобода, личностная уникальность и идентичность, общение, любовь, Иоанн Зизиулас уделяет особое внимание богословским следствиям святоотеческого учения о монархии Бога Отца. Вопросы епископского служения, соотношения поместной и Вселенской церкви, кафоличности и апостольского преемства рассматриваются им в перспективе евхаристического понимания единства как полноты конституируемого Святым Духом общения в едином Теле Христовом при сохранении инаковости составляющих его членов. Именно понятие общения приобретает статус главной онтологической категории в выражении православного понимания Пресвятой Троицы, Христа, церкви и человека. Изданный в Афинах в 1992 г. сборник «Творение как Евхаристия» содержит богословские статьи и лекции по проблемам экологии творения. Следующая важная веха творчества Иоанна Зизиуласа – сборник «Communion and Otherness: Further Studies in Personhood and the Church» («Общение и инаковость: Дальнейшие исследования личностности и Церкви», 2006 г.). Как и предыдущий сборник, он посвящён выявлению богословского фундамента антропологии и экклезиологии. Однако если в «Бытии как общении» преимущественное место занимает анализ личностного понимания единства, то проблемно-композиционный центр «Общения и инаковости» составляет тема личностного различия. Главы 1, 3 и 8 были написаны впервые, остальные пять глав представляют собой новые редакции ранее опубликованных сочинений. В первой главе Иоанн Зизиулас рассматривает инаковость в контексте учений о Пресвятой Троице, Христе, церкви, человеке и определяет её как онтологически первичный аспект общения, конституирующий само бытие.