Добровольная искупительная смерть Христа, Его Крест и воскресение являют торжество любви и жизни, преодоление греховной разделённости, ведущей к утрате личностной инаковости, природной детерминированности, к смерти и небытию. Воскресший Христос открывает для человеческих личностей возможность обожения – осуществления своего тварного бытия по образу нетварного бытия Лиц Божественных. Достижение такой полноты личностного образа бытия представляет собой актуализацию образа Божия, по которому человек сотворён, и обретение человеком подобия Божия. Наряду с критическим развитием идей евхаристической экклезиологии протопресвитера Николая Афанасьева Иоанн Зизиулас формулирует богословское понимание церкви, опираясь на тринитарное учение и христологию. В церкви «любовь Бога как любовь исключительного и абсолютно уникального существа (любовь Отца к Его «единородному», т.е. возлюбленному уникальным образом, Сыну) свободно предлагается Его творению в лице Христа, так что в Нём каждый конкретный человек имеет возможность свободного обретения онтологической инаковости (т.е. подлинной уникальности, не разрушаемой смертью)». Первостепенную задачу православной экклезиологии Иоанн Зизиулас видит также в выявлении её «эпиклетического характера», в достижении органичного сочетания христологического и пневматологического измерений церкви. Это, по его мнению, с одной стороны, должно оградить от опасности сведения экклезиологии к социологии, с другой, – не позволит пренебрегать «богословием церковной структуры», согласно которому соборность как общение в истине и любви исторически осуществляется в форме общины. Важное положение в богословской мысли Иоанна Зизиуласа занимает понятие мистического Тела Христова. Следуя апостолу Павлу (1 Кор. 6:15–20; 10:16–17; 11:1–27 и др.) и древним восточным отцам, он использует это понятие в одном и том же смысле в христологии, экклезиологии и учении о евхаристии. Верующие соединяются со Христом в церкви, которая представляет собой Тело Христово. Предельная полнота этого единства достигается в евхаристическом общении, созидаемом Святым Духом как общение свободных лиц, инаковость которых утверждается в эсхатологической перспективе Царства Небесного, являемого в евхаристии. Таким образом, по существу, церковь есть «евхаристический образ бытия». Опираясь, прежде всего, на богословие Николая Кавасилы, Иоанн Зизиулас стремится к синтезу «таинства Церкви и таинства Евхаристии», к их тесному переплетению и глубочайшей связи вплоть до отождествления, так что «где совершается Евхаристия, там и Церковь в своей полноте как Тело Христово». Он показывает, «что Божественная Евхаристия выражает, и открывает, и осуществляет в истории саму Церковь, но не просто как она есть, а главным образом какой она будет, когда придёт Царствие Божие». Исходя из таинственной природы церкви должны также рассматриваться её каноническое устроение и служения. «Отцом» евхаристического собрания является епископ или пресвитер – по образу Бога Отца как единого личностного начала Пресвятой Троицы. В предстоянии на Божественной Евхаристии заключается основной смысл и первое дело епископского служения. При этом Иоанн Зизиулас настаивает на безусловной укоренённости как тайносовершительной, так и административной власти епископа в самой евхаристии.