Как и его предшественники, он использовал понятие «сложная ипостась» для того, чтобы охарактеризовать единство Христа: «Один Христос – сложная ипостась»; «...две природы сохраняются и после соединения в одной сложной Ипостаси, то есть в одном Христе». Таким образом, Христос является сложной Ипостасью, поскольку состоит из двух природ. При этом природа, воспринятая Им, не имеет своего собственного самостоятельного существования, т.е. своей ипостаси, но существует исключительно в Ипостаси Логоса: «Одна сложная Ипостась произошла из двух природ. Будучи Ипостасью, обладающей своей сущностью, Он воспринял начаток нашего смешения – воипостасную природу. При этом мы называем её воипостасной не потому, что она существует сама по себе, и не потому, что она имела свою ипостась, но потому, что она существовала в Ипостаси Слова». Иоанн Дамаскин представлял эту мысль и в несколько иной формулировке: Ипостась называется сложной потому, что по двум природам Христос тождественен как двум Лицам Святой Троицы, так и нам: «Христос, будучи сложной ипостасью, по природе тождественен Отцу и Духу, а также Матери и нам». Иоанн Дамаскин выступал против того, чтобы считать «сложную Ипостась» Христа состоящей из двух ипостасей или содержащей в себе элементы человеческой ипостаси: «Совершенно невозможно, чтобы (во Христе была) одна сложная природа, состоящая из двух природ, или одна ипостась, состоящая из двух ипостасей». Единая сложная Ипостась Христа есть собственно Ипостась Логоса, однако она является Ипостасью также для человечества: «Мы говорим об одной и той же Ипостаси Его божества и человечества». Ещё более выразительно Иоанн Дамаскин сформулировал эту мысль в трактате «О сложной природе», направленном против ереси акефалов: «И божество и человечество Христа являются ипостасными, потому что каждая (природа) имеет (в качестве ипостаси) Его общую сложную Ипостась. При этом божество (имеет её) предвечно и вечно, а разумная и одушевлённая плоть была ею воспринята, существует в ней и имеет (её как) ту же Ипостась». Человеческое естество является тем элементом, который делает Ипостась сложной – по выражению Иоанна Дамаскина, «восполняет» Ипостась Христа: «ипостасная природа, восполняющая сложную Ипостась Христа». Это не означает, что без плоти Ипостась была бы неполной, однако без воспринятой плоти Ипостась осталась бы простой: «Ипостась, изначально будучи простой, позже стала сложной... благодаря предсуществующему в ней божеству и воспринятой впоследствии плоти». Христос принял от Девы «не ипостась, но ипостасную плоть», которая в Нём получила свою ипостасность, т.е. обрела реальное, конкретное бытие.