Изображение Ипатия (вместе со св. Стефаном) помещено на происходящем из Великого Новгорода медном литом образке (4,3х4,6 см; Русский музей), который исследователи относят к XIV–XV вв. В XIV в. изображения Ипатия и соимённого ему Ипатия Эфесского (оба в третьем ряду, погрудно, в медальонах; в обоих случаях надпись: «Елпатиi») украсили так называемые Васильевские врата, выполненные в технике золотой наводки для собора Святой Софии в Великом Новгороде в 1335/1336 г. (ныне в южном портале собора Успенского монастыря в Александрове). В иконописи одно из ранних изображений Ипатия сохранилось на иконе «Спас на престоле, с избранными святыми на полях», происходящей из посёлка Крестцы Новгородской области (вторая половина XIII – начало XIV в., Третьяковская галерея), – в рост на правом поле, симметрично образу Климента Александрийского (Анкирского) на противоположном поле; правой рукой благословляет, в покровенной фелонью левой руке – Евангелие. С образом Ипатия (судя по поновленной в 1556 г. надписи) исследователи связывают фигуру святителя на правом поле иконы «Святитель Николай Чудотворец, с избранными святыми на полях», написанной Алексой Петровым для церкви святителя Николая Чудотворца Липенского новгородского монастыря (1294 г., Новгородский музей-заповедник). Святой изображён вторым сверху, парный ему образ на левом поле – Иоанн Златоуст. По мнению исследователей, в пользу стилистической атрибуции святого как Ипатия говорят святительские одежды, где фелонь в знак мученической кончины имеет красный цвет, однако в противоположность близким по времени памятникам (образам на иконе из Третьяковской галереи, на фреске церкви Спаса на Нередице) облик святого не соответствует устоявшейся традиции изображения Ипатия седовласым старцем с длинной клиновидной бородой, здесь он показан темноволосым средовеком с округлой бородой. В середине XIX в. в новгородской Климентиевской церкви находился храмовый образ Ипатия, происходящий из бывшей церкви священномученика Ипатия на Рогатице; исследователи  находят примечательным, что это был житийный образ «священномуч. Ипатия в чудесах». Самая ранняя дошедшая до нас житийная икона Ипатия относится исследователями к первой половине XV в. (конец XV – первая половина XVI вв., Тверь, Третьяковская галерея). Тип изображения в среднике восходит к так называемому Зарайскому образу Николая Чудотворца: Ипатий написан с поднятыми и разведёнными в стороны руками, персты правой сложены в жесте благословения, в левой на убрусе держит Евангелие; у Ипатия тёмные без проседи волосы и длинная клиновидной формы борода, на голове тонзура, причём в клеймах святой изображён седовласым. Сцены, размещённые на полях 16 клейм, восходят к апокрифу «Ипатиево мучение», который повествует о «семи смертях» святого: 1. Проповедь Ипатия священникам Гангры; 2. За Ипатием, который молится в храме, пришли воины, чтобы взять его по приказу царя; 3. Ипатий перед царём; 4. Ипатий крестит народ («…крестися царь руками святого Ипатия… и все вельможи его и весь град крестисе»); 5. Ипатий воскрешает жену игемона; 6. Ипатия «испекают» на огне; 7. Ипатий побивает змея; 8. Сожжение Ипатия в медном воле; 9. Привязанный к коню Ипатий разбивается о камни; 10. Явление Ипатия в темнице беса в облике ангела; 11. Ипатия кладут под «гнёт» (камень) и вливают ему в горло раскалённое олово; 12. Явление Ипатию в темнице Спасителя; 13. Ипатия варят в котле; 14. Ипатию отрубают руки и ноги; 15. Беседа Ипатия с игемоном; 16. Ипатия ввергают в яму и заваливают камнями.