С монастырём также связана житийная икона апостола Филиппа и Ипатия, написанная мастерами Оружейной палаты для местного ряда иконостаса придела во имя этих святых Троицкого собора (1670 г., Третьяковская галерея). В среднике в молении Богородице на престоле (в облачном сегменте) предстоят апостол Филипп и Ипатий. Вокруг средника – 14 клейм, разделённых поровну относительно центра на два житийных цикла – апостола Филиппа и Ипатия. Во втором цикле, иллюстрирующем Житие Ипатия, представлены следующие сюжеты, основанные, как полагают исследователи, на тексте Великих Миней Четьих Московского митрополита Макария: 1. Первый Вселенский собор в Никее и наказание Ария, Ипатий молится Господу, Ипатий изводит источник тёплых вод и исцеляет больных; 2. Явление горящих свечей на реке, указавших Ипатию дорогу; 3. Моление Ипатия о превращении горьких вод в сладкие и исцеление им приходящих; 4. Чудо со змеем; 5. Царь Константин воздаёт почести Ипатию, Ипатий исцеляет больных у стен города; 6. Нападение на Ипатия еретиков у Плевницы, скверная жена, сторонница Ария, убивает Ипатия камнем; 7. Перенесение и погребение тела Ипатия, раскаяние скверной жены. В среднике Ипатий изображён в орнаментированной цветочным узором фелони, в клеймах – в крещатой. Эта икона послужила основой для большинства сцен житийного цикла в росписи придела (ныне диаконника) собора Ипатиевского монастыря (1684 г., артель Гурия Никитина). Цикл предваряет композиция в люнете и на подпружной арке под юго-восточным барабаном с образами молящихся Господу Вседержителю апостола Филиппа и Ипатия. Из 20 клейм цикла восемь посвящено Ипатию: 1. Первый Вселенский собор и обличение Ария; 2. Моление Ипатия о превращении вод источника из горьких в сладкие, исцеление болящих; 3. Явление Ипатию горящих свечей на реке; 4. Чудо о змее; 5. Царь Константин воздаёт почести Ипатию; 6. Народ прославляет Ипатия; 7. Нападение на Ипатия еретиков, убиение Ипатия; 8. Погребение Ипатия. Ещё одна фреска с образом Ипатия была выполнена в 1913 г. артелью палехских иконописцев под руководством Николая Михайловича Сафонова в северной галерее с правой стороны портала: святой обращён влево к благословляющей деснице Спасителя. Непривычной деталью иконографии является посох в левой руке Ипатия, который, по мнению исследователей, показан здесь не только как патрон обители, но и как её игумен, предстательствующий за неё на небесах. Из ризницы монастыря также происходят два предмета лицевого шитья с образом Ипатия. На подвесной пелене конца XVI в. (Костромской государственный объединённый историко-архитектурный и художественный музей-заповедник) Ипатий, как и в среднике его житийной иконы из Третьяковской галереи, изображён прямолично в рост, правой рукой благословляет, на отведённой в сторону левой держит Евангелие. Особенности иконографии другой пелены, «Святая Троица, с припадающими апостолом Филиппом и священномучеником Ипатием» (начало XVII в., Костромской государственный объединённый историко-архитектурный и художественный музей-заповедник) связаны с посвящением главных престолов обители; коленопреклонённые фигуры святых показаны в центре под изображением Святой Троицы (так называемой новозаветной).