Трактат «Против Апиона» написан в ответ на критику «Иудейских древностей» и представляет собой апологию иудейского народа и его образа жизни, автор оспаривает расхожие предрассудки в отношении евреев. В первой книг Иосиф Флавий приводит свидетельства древних хроник Египта, Тира, Финикии и Халдеи, доказывающие древность происхождения еврейского народа, а также перечисляет свидетельства ранних греческих авторов (Гермиппа, Геродота, эпического поэта Хирила, Клеарха и Феофраста), упоминающих о евреях. По подсчётам Иосифа Флавия, исход евреев из Египта произошёл за тысячу лет до Троянской войны. Далее он опровергает уничижительную для евреев версию Исхода, которая содержится в трудах александрийских историков. Вторая книга начинается с критики произведений Апиона, одного из представителей школы александрийских грамматиков, описавшего множество антииудейских традиций и выступавшего в первой половине I в. с яростной критикой еврейских обычаев и религии. Иосиф Флавий разоблачает вымыслы о происхождении иудеев от прокажённых, изгнанных из Египта, и о почитании осла в Иерусалимском храме, о ежегодных приношениях в жертву одного из греков и др. Опровергая мнение Апиона, который видел в еврейской религии проявление человеконенавистничества и крайнего суеверия, Иосиф Флавий приводит пространную апологию Моисеева закона, демонстрируя его совершенство с точки зрения философии, морали и юридической практики и сопоставляя с аморальными и абсурдными положениями верований греков. Используя терминологию и концепции популярной греческой философии, Иосиф Флавий последовательно приводит аргументы в защиту иудейской религии, доказывая её превосходство по сравнению с языческой: религия иудеев (так же как и их происхождение) более древняя, чем у греков; понимание Бога у иудеев более возвышенное, законы в отличие от греческих неизменны, обряды отличаются единообразием и благородством. Лучшее доказательство совершенства иудейского закона, по его мнению, состоит в исключительной верности, которую проявляют по отношению к нему иудеи, и в притягательности, которой он обладает для представителей других народов. Трактат «Против Апиона» как полемическое произведение, по мнению исследователей, представляет собой один из важных документов, отражающих культурные, религиозные и философские настроения эпохи. Его особая ценность состоит в том, что Иосиф Флавий приводит многочисленные цитаты из несохранившихся произведений греческих или эллинизированных восточных авторов; среди них были Манефон, Берос, Менандр из Эфеса, Дий, Филострат, которые имели доступ к местным официальным анналам или к храмовым архивам восточных народов. Об Иосифе Флавие упоминают Светоний и Дион Кассий. Порфирий, описывая обычаи евреев, пересказывает отрывки из книг «Иудейская война», «Иудейские древности» (о ессеях), из трактата «Против Апиона». Несмотря на ошибки, неточности и преувеличения, содержащиеся в трудах Иосифа Флавия, они, по мнению исследователей, представляют собой наиболее полный источник по истории Палестины эллинистического и римского времени, а также уникальный материал по истории Римской империи.