В «Иудейской войне» он занимается набором людей в армию, в «Жизнеописании» подкупает галилейских разбойников, чтобы удержать их от военных действий. Кроме того, Иосиф Флавий вводит в «Жизнеописание» материалы, которых нет в книге «Иудейская война». В значительной степени история исследования «Жизнеописания» – это спор о том, какой из двух написанных Иосифом Флавием рассказов о начальной фазе войны с Римом – в «Жизнеописании» или в «Иудейской войне» – исследователи могут считать более достоверным. В конце XIX – начале XX вв. учёные отдавали предпочтение «Иудейской войне». После выхода в свет книги Р. Лакёра, который предположил, что в основу «Жизнеописания» положен отчёт о миссии в Галилее, написанный Иосифом Флавием во время войны для синедриона; этот текст он быстро переработал для скорейшей публикации ответа на обвинения Юста; следовательно, ядро «Жизнеописания» составляет ранний документ, а значит, эти свидетельства более достоверные, чем рассказ в книге «Иудейская война». Гипотеза Р. Лакёра с различными модификациями была принята большинством учёных, и в позднейших исследованиях «Жизнеописание» стало рассматриваться как более надёжный источник, чем «Иудейская война». Из современных учёных проблеме исторической ценности «Жизнеописания» много внимания уделил Ширли Коэн. Он принял гипотезу Р. Лакёра о существовании первоначального источника, полагая, однако, что Иосиф Флавий использовал в «Жизнеописании» не отчёт, написанный для синедриона, а заметки (воспоминания) о событиях войны, составленные по хронологическому принципу. По мнению Ш. Коэна, они были использованы Иосифом Флавием как в «Иудейской войне», так и в «Жизнеописании». В книге «Иудейская война» эти материалы подверглись основательной переработке, в «Жизнеописании» Иосиф Флавий следует им более точно и в целом сохраняет структуру и хронологию, добавив к первоначальной канве событий полемику с Юстом. Таким образом, в вопросах хронологии «Жизнеописанию» исследователи отдают предпочтение перед «Иудейской войной»; что касается других расхождений в текстах, они не могут однозначно определить, какое из двух произведений более достоверно, каждый эпизод должен рассматриваться отдельно. Трактат «Против Апиона» был издан между 93/94 и 96 гг. Такое же название впервые встречается у Иеронима Стридонского, Ориген и Евсевий Кесарийский цитируют это произведение под названием «О древности иудейского народа», которое, как это следует из текста трактата, скорее всего, и было первоначальным. Однако тема древности происхождения иудеев служит сюжетом только первой книги трактата, другие книги содержат полемику с Апионом. Принимая во внимание это наблюдение, Г. Шреккенберг определяет основную тему произведения как описание особенностей иудейского народа и предлагает в качестве гипотетического название «О роде иудеев». В греческих рукописях этого трактата есть значительная лакуна, которая восполняется с помощью латинского перевода Кассиодора. Для реконструкции текста, по мнению исследователей, также существенны многочисленные цитаты, приведённые Евсевием в «Приготовлении к Евангелию» и содержащие почти шестую часть текста трактата «Против Апиона».