Важнейшим элементом христианской рецепции текста Иосифа Флавия, начиная с Евсевия, была теория о рабстве иудеев, которая связывала новозаветное пророчество о том, что евреи «падут от острия меча, и отведутся в плен во все народы» (Лк. 21:24) с сообщением Иосифа Флавия о продаже в рабство оставшихся в живых после осады Иерусалима евреев. Большой популярностью у раннехристианских авторов пользовался трактат Иосифа Флавия «Против Апиона» из-за содержащейся в нём полемики с язычниками. Во II в. Феофил Антиохийский в «Посланиях к Автолику» цитирует в сокращении отрывок из первой книги трактата, в котором Иосиф Флавий приводит свидетельства египетских и палестинских хроник о древности иудеев. Наибольшее число цитат из этого трактата содержится у Евсевия в «Евангельских приуготовлениях». В сравнении с языческой религией у иудеев и христиан было много общего, и первоначально христианство воспринималось языческим миром как одно из течений иудаизма. Иосиф Флавий и раннехристианские авторы обращались практически к одной и той же аудитории: образованным в области философии и теологии грекам, римлянам и иудеям Римской империи. Мотивы апологетики были сходными: Иосиф Флавий пытался доказать общечеловеческую ценность иудейской религии, а христианские апологеты заботились о том, чтобы представить римским властям своё учение не как революционное, но как мирное учение о спасении. Произведения Иосифа Флавия сыграли важнейшую роль в создании христианской исторической традиции. Отцы церкви воспринимали «Иудейскую войну» как своеобразный комментарий к Новому Завету и использовали свидетельства Иосифа Флавия для создания нового христоцентрического видения истории. Из раннехристианских авторов особенно высоко ценил Иосифа Флавия Иероним Стридонский, назвавший его «греческим Ливием». Он считал произведения иудейского автора ценным справочником по новозаветной истории и библейской экзегезе и многократно отсылал к ним своих читателей. Иероним Стридонский включил произведения Иосифа Флавия в состав написанной им христианской истории литературы. Через посредство византийского хронографа Иоанна Малалы «Иудейские древности» легли в основу христианских трудов по всеобщей истории. В настоящее время базовым изданием текстов Иосифа Флавия является editio maior (полное издание) Бенедикта Низе (1885–1895 гг.), где использованы основные рукописи и свидетельства источников об авторе. Одновременно вышло в свет издание С.А. Набера (1888–1896 гг.), которое менее документировано, но содержит множество конъектур. Эти издания послужили основой для переводов произведений Иосифа Флавия на современные языки.