Топографические описания Иосифа Флавия были использованы в качестве руководства при проведении раскопок Самарии (Севастии), Кесарии, Иродиона, Масады, Гамалы. Точность его географических указаний подтверждена археологическими исследованиями. Один из апологетических методов Иосифа Флавия – приведение цитат из римских декретов и сенатусконсультов, касающихся дарования привилегий еврейским общинам в греческих городах Азии. В некоторых исследованиях эти документы рассматриваются как подлинные в своей основе. Сохранилось два латинских перевода произведений Иосифа Флавия. В IV в. появился пересказ «Иудейской войны», озаглавленный «De excidio urbis Hierosolymitanae» («О разрушении Иерусалима») или «Historiae» («История») и подписанный именем Hegesippus (Гегесипп; исследователи полагают, что это – изменённое Iosippus – форма имени Иосифа Флавия, часто встречающаяся в рукописях). Это сочинение было атрибутировано христианскому историку II в. Егесиппу, хотя в некоторых рукописях текст приписывается Амвросию Медиоланскому. «De excidio...» состоит из пяти книг; первые четыре содержат пересказ соответствующих книг «Иудейской войны», пятая – материал из пятой, шестой и частично седьмой книги Иосифа Флавия. Кроме того, Псевдо-Егеcипп использует материал из «Иудейских древностей». В состав второй книги включено «Тestimonium Flavianum» («Свидетельство Флавия»). В VI в. под руководством Кассиодора, министра короля остготов Теодориха, был сделан перевод «Иудейских древностей», в состав которого вошли «Жизнеописание» и трактат «Против Апиона». По мнению исследователей, этот перевод содержит множество ошибок, основанных на неправильном понимании греческого текста, однако он почти дословно передаёт греческий оригинал и таким образом служит прекрасным источником для реконструкции лежащего в его основе греческого текста. Кроме того, в этом переводе сохранился большой отрывок из первой части трактата «Против Апиона», пропущенный в дошедших до нас греческих рукописях. Перевод был сделан одним или несколькими авторами, имена которых исследователям неизвестны. Будучи весьма распространён в Средние века, он был издан И. Фробеном в 1524 г. В современное издание вошли только трактат «Против Апиона» и первые пять книг «Иудейских древностей». Сирийский перевод шестой книги «Иудейской войны» был сделан не позднее V в. с греческого оригинала и сохранился в составе одного из сирийских кодексов Ветхого Завета как Пятая книга Маккавейская. Еврейский пересказ «Иудейской войны» известен исследователям под названием «Иосиппон» («Josippon», «Josephon») и был сделан, по мнению исследователей, в X в. в Южной Италии, на что указывают лингвистические, географические и этнографические особенности текста. Основным источником для составления еврейского пересказа послужил текст Псевдо-Егесиппа. Позднее эта книга была, в свою очередь, переведена с изменениями на арабский, эфиопский, армянский, древнечешский и древнепольский языки. Существовала также древнерусская версия «Иосиппона», о которой исследователи могут судить по отрывкам в хронографических сказаниях. В XI–XVIII вв. произведения Иосифа Флавия распространялись на Руси в переводах с греческого, еврейского, польского, латинского языков.