Следуя традициям эллинистической историографии, Иосиф Флавий представил основных персонажей библейской истории (Ноя, Авраама, Моисея) как стоических мудрецов, успешных государственных деятелей, блестящих ораторов и доблестных полководцев, часто обращался к популярной в стоицизме концепции правителя-тирана (превращение Соломона из мудрого царя в тирана, черты тирана у Саула, обвинения старейшинами Моисея в тирании). Он ввёл в пересказ элементы греческого романа (см., например, историю праведного Иосифа и жены Потифара или эпизод об Эфиопском походе Моисея и о женитьбе на эфиопской принцессе), добавляя после описания чудесных событий рационализирующие ремарки. Для повествовательной манеры Иосифа Флавия характерна тенденция к универсализму: он выделяет из обычаев и представлений древних евреев те, которые находят параллели в греческой культуре, при этом обходит молчанием неприемлемые для его читателей или трудно воспринимаемые ими. Так, он избегает упоминания ключевых библейских понятий, таких как «завет» и «земля обетованная». Универсальный подход проявляется у Иосифа Флавия, в частности, в изложении иудейского закона: он не пишет о штрафах за нарушения его, тем самым переводит предписания закона из юридической в моральную сферу. Одно из направлений в современной историографии посвящено изучению принципов эллинизации библейского текста, которые использовал Иосиф Флавий, связи языка его произведений с языком стоиков, кинической диатрибы, аллюзий на сочинения Платона и греческие трагедии. Универсальный подход к изложению библейских событий в значительной степени способствовал популярности произведений Иосифа Флавия среди христианских авторов. Насколько для него важнее трактовать события соответственно с греческими философскими концепциями, чем с интерпретациями раввинов, исследователи видят на примере рассказа о жертвоприношении Исаака. В описании этого эпизода Иосиф Флавий подчёркивает любовь Авраама к сыну, используя одновременно аллюзию на эпизод из гомеровской «Илиады», где Приам умоляет Гектора не вступать в сражение с Ахиллом. В пересказе этого эпизода, обладающего как в иудейской, так и в христианской традиции огромным богословским значением, Иосиф Флавий обходится без толкований. Он не упоминает об идеях, сохранившихся в комментариях раввинов, например, о том, что жертвоприношение Исаака, являясь испытанием и для Авраама, и для его сына, стало демонстрацией ценности мученичества, или о том, что оно послужило искуплением для потомков Исаака и в конечном счёте для всех людей. Для объяснения этого эпизода Иосиф Флавий использовал стоическую идею: всё, что происходит с избранниками Бога, случается по воле Божественного Промысла; он старается отмежеваться от понятия «жертвоприношение», противопоставляя библейский эпизод легенде о жертвоприношении Ифигении. В библейском пересказе Иосиф Флавий оценивает историческое развитие еврейского государства и общества с точки зрения соответствия законам Моисея. Центральная идея состоит в том, что причина самых больших несчастий в истории евреев стало нарушение заповедей закона (т.е. их конституции), это лишило их божественной поддержки – основы процветания.