Темой специальных исследований для современных историков стали анализ причин восстания в Иерусалиме и механизма развития событий, которые являются центральными в «Иудейской войне»; рассматривалась и адаптация Иосифом Флавием фукидидовской концепции. C точки зрения исторической достоверности «Иудейская война» заслуживает высокой оценки исследователей, хотя Иосиф Флавий, часто прибегавший к драматическим эффектам, преувеличивает цифры и переоценивает значение событий. Самый значительный по объёму и хронологическому охвату труд Иосифа Флавия («Иудейские древности») исследован гораздо меньше, чем остальные произведения. Он был опубликован в 93–94 гг. Иосиф Флавий назвал это произведение «Археология», как полагают исследователи, под влиянием Дионисия Галикарнасского или Фукидида, который дал это название первой книге своей истории. «Иудейские древности» состоят из двух основных частей. В первой Иосиф Флавий изложил историю евреев «так, как она описана в Священных книгах», т.е. пересказал Священное Писание. Во второй части описаны постбиблейские события – от правления династии Хасмонеев до начала восстания в Иудее против римлян. В противовес гиперкритическим взглядам учёных XX в. исследования последних десятилетий показали, что Иосиф Флавий не был простым компилятором, объединившим информацию из различных, часто вторичных источников. Он изучал труды историков, критически и планомерно перерабатывая сведения источников. Пересказывая Библию, Иосиф Флавий пользовался текстом Ветхого Завета в греческом переводе (Септуагинтой), а также арамейскими таргумами и в меньшей степени древнееврейским текстом. Его утверждение о том, что он пересказал Cвященное Писание, «ничего не прибавив и не опустив», исследователи призывают не понимать буквально, Иосиф Флавий имеет в виду, скорее, правдивую передачу еврейской традиции. Исследователи отмечают, что «Иудейские древности» неоднородны по стилю и языку. Книги 1–14 и 20 написаны на эллинистическом койне; книги 15–19 (как и «Иудейская война») относятся к разряду текстов, которые принадлежат к так называемой аттицизирующей литературе или по классификации Ф. Лассерра риторической историографии и составляют одну группу с фрагментами текста Николая Дамасского, произведениями Дионисия Галикарнасского и Филона Александрийского. Исследователи отмечают, что Иосиф Флавий пересказал библейскую историю со множеством отклонений от исходного текста: обращаясь к широкой, по-гречески образованной аудитории (евреям и неевреям), он комментирует, анализирует, сокращает и дополняет текст Священного Писания. Кроме того, он пользуется языком, во многом отличающимся от языка Септуагинты (LXX). Пересказ Священного Писания у него содержит ряд мотивов, распространённых в современной ему греческой историографии, но не встречающихся или по-другому представленных в Библии. К ним относятся рассуждения о Божественном Промысле, о свободе и тирании, о наилучшей форме государственного устройства, о подчинении страстям как основной причине моральной деградации, об упадке нравов в результате отступления от отеческих установлений.