Иосиф Флавий упоминает о Понтии Пилате, о переписи населения, которая проводилась в правление прокуратора Квирина (ср.: Лк. 2:1–5; хотя датировка Иосифа Флавия расходится с новозаветной), о смерти Агриппы I, об иудейских предводителях Февде и Иуде из Галилеи, а также о некоем лжепророке из Египта, который увлёк в пустыню своих приверженцев (ср.: Деян. 21:38). Наконец, описание Иосифом Флавием знамений и пророчеств, свидетельствовавших о грядущей гибели Иерусалима, находит близкие параллели в синоптических Евангелиях, передающих предсказание Иисуса Христа о конце Иерусалима (Мк. 13:2; Мф. 23:38; 24:2; Лк. 21:6 и особенно Лк. 21:20–24). В восемнадцатой книге «Иудейских древностей» содержится упоминание об Иисусе Христе, Который называется «мудрым человеком, если его только вообще можно назвать человеком», чудотворцем и Мессией. Сообщается также о казни Христа Пилатом и Его тридневном воскресении, а также о «племени», или «роде», христиан, которое не исчезло после смерти Своего Учителя. Уже с XVI в. подлинность этого отрывка, получившего название «Testimonium Flavianum», подвергалась сомнению. Основные аргументы в пользу того, что отрывок является христианской интерполяцией, состоят в следующем. Несмотря на огромное значение такого рода свидетельства для раннехристианских авторов, которые уже со II в. многократно цитируют Иосифа Флавия, данный отрывок впервые встречается в IV в. у Евсевия Кесарийского. Имеется свидетельство Оригена, что Иосиф Флавий не признавал Иисуса Мессией (Христом). В пользу подлинности этого свидетельства (или его первоначального ядра) приводится тот факт, что оно содержится во всех сохранившихся рукописях, а также в переводах «Иудейских древностей». Кроме того, лингвистические исследования подтверждают, что язык отрывка существенно не отличается от остального текста восемнадцатой книги. В настоящее время большинство исследователей считают текст «Testimonium Flavianum» частично интерполированным. По их мнению, скорее всего, изначальный текст содержал краткие и нейтральные сведения об Иисусе Христе в контексте мессианских движений, которые Иосиф Флавий описывает в этой части книги. «Иудейские древности» содержат также упоминание об Иоанне Предтече, его проповеди и казни по приказанию Ирода Антипы. Хотя рассказ Иосифа Флавия расходится с текстом Евангелий (Мф. 14:3–12; Мк. 6:17–29) в указании причин казни Иоанна Предтечи, его сообщение в целом не противоречит евангельскому рассказу. Подлинность этого отрывка из текста Иосифа Флавия подтверждает тот факт, что его цитирует Ориген. Наконец, в двадцатой книге Иосиф Флавий говорит об осуждении синедрионом на смерть Иакова, «брата Иисуса, называемого Христом».