Однако у исследователей есть сведения второй половины XVI в. об изображениях Иоанна Устюжского, указывающие на укрепление иконографической традиции, что исследователи связывают с установлением местных празднований в честь обоих устюжских юродивых на Московском Соборе 1547 г. Первое дошедшее до нас изображение Иоанна Устюжского представляет собой композицию, где он показан вместе с блаженным Прокопием Устюжским в молении Божьей Матери «Воплощение», на крупной храмовой иконе второй половины XVI в. из собрания Третьяковской галереи (происхождение исследователям неизвестно; по их мнению, написана в Великом Устюге или в соседних землях, испытывавших влияние вологодской художественной традиции). Хотя резкие движения Иоанна Устюжского повторяют движения блаженного Прокопия, святые изображены контрастно: различается их возрастная характеристика, не совпадают тип и цвет одеяний, жесты. Иоанн в соответствии с рекомендациями многих подлинников представлен с молитвенно воздетыми руками, полуобнажённым, в белом рубище, драпирующем тело, один конец его перекинут через правую руку. Зигзагообразные контуры и резкие диагональные моделировки по белой поверхности делают образ Иоанна более заметным, полнее раскрывающим суть подвига юродства (эта особенность парных изображений устюжских святых отмечена Сергеем Аркадьевичем Ивановым); при этом юный облик Иоанна Устюжского в сочетании с его белыми одеждами вводит в композицию дополнительную тему чистоты и жертвы. К этому памятнику близка пядничная икона, написанная в 1610 г. мастером Афанасием для Николая Григорьевича Строганова (позднее в сольвычегодском Благовещенском соборе; ныне в Сольвычегодском музее). Здесь белое рубище святого больше похоже на набедренную повязку, от которой отходит узкая лента, перекинутая через левое плечо и правую руку; это позволяет подчеркнуть аскетическую худобу Иоанна и придать одухотворённость образу святого. Принцип противопоставления и взаимодополнения фигур двух юродивых сохраняется и в более поздних произведениях, таких как пядничный образ второй четверти XVII в. из собрания М.Е. Де Буара (Елизаветина). Иконописец, следовавший традициям искусства строгановских мастеров, показал изящество движений Иоанна и складок его рубища, которое в отличие от ранних памятников в большей степени скрывает тело. Существовали и единоличные изображения святого, они становились образцами его иконографии. Подавляющее большинство таких произведений было сосредоточено в устюжской церкви Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, где к 1620 гг. существовал второй престол во имя Иоанна Устюжского, устроенный до Смутного времени, скорее всего, после установления местного празднования Иоанну в 1547 г., но не позднее 1602 г. (считается, что в этом году на средства Строгановых был сооружён двухпрестольный деревянный храм – предшественник существующего каменного). Эти произведения, которые исследователи, в основном, относят ко второй половине XVI – началу XVII вв., упомянуты в древнейшем сохранившемся описании церкви Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, которое включено в писцовую книгу Великого Устюга 1623–1626 гг. и в составленную в 1630 г. сотную с этой писцовой книги.