Отрывок из четвёртого богословского сочинения Иоанна Скифопольского («Против Севира») сохранился в трёх версиях и наиболее полно в Деяниях Константинопольского собора 680–681 гг. Сочинение было написано вскоре после 518 г., поскольку в нём упоминается разрыв Севира Антиохийского с Юлианом Галикарнасским. Именно этот отрывок, являющийся защитой Томоса папы Льва I Великого, содержит исповедание двух действий, которые нераздельно и непреложно имеет Христос, на основании того, что у Него была мыслящая душа, имевшая свою, отличную от Божественной, энергию мышления. Сходные аргументы впоследствии исследователи встречают у Максима Исповедника и других диэнергистов. Таким образом, Иоанн Скифопольский, подобно другим православным богословам этого периода, вёл полемику в двух направлениях – против монофизитов-севириан и против строгих дифизитов, не принимавших богословия Кирилла Александрийского, которых он называет «несторианами». По мнению исследователей, Иоанн Скифопольский был весьма влиятельным в масштабах Палестины и Сирии православным богословом своего времени, одним из тех, кто проложили пути к тому, что можно назвать синтезом богословия Халкидонского собора и Кирилла Александрийского. Однако наиболее выдающийся вклад в православную традицию Иоанн Скифопольский внёс в качестве схолиаста корпуса «Ареопагитик». Хотя о его участии в написании схолий к «Ареопагитикам» было известно давно, масштабы вклада Иоанна Скифопольского не были оценены, и схолии по традиции, отражённой и в «Патрологии» Жана-Поля. Миня (как и в русских изданиях «Ареопагитик» под редакцией Гелиана Михайловича Прохорова), приписывались Максиму Исповеднику. Тем не менее, Б.Р. Зухла для схолий к трактату «О Божественных именах», а также П. Рорем и Ж. Ламоро – для остальных трактатов сумели, основываясь на ранних сирийских (первые из них датируются VIII в. и упоминаются как принадлежащие Иоанну Скифопольскому сирийским переводчиком «Ареопагитик» Фокой бар Сергием) и ранних греческих рецензиях, сохранивших только схолии Иоанна Скифопольского, вычленить схолии, принадлежащие ему, из всех остальных. При этом оказалось, что именно Иоанн Скифопольский является автором наиболее значительной части (не по числу, а по объёму, который составляет около 70%) схолий, а также Пролога к этому важнейшему в истории христианского богословия сочинению. Из 225 колонок греческого текста схолий в «Патрологии» Ж.П. Миня около 160 исследователи уверенно приписывают Иоанну Скифопольскому. Исследователи не исключают, что Иоанн Скифопольский сыграл большую роль и в распространении «Ареопагитик» в их окончательной редакции. Значение труда и личности Иоанна Скифопольского оказывается существенно большим, чем предполагали исследователи, основываясь только на сведениях о его христологической полемике.