Христология Иоанна Скифопольского представляет собой халкидонизм, развитый в русле богословия Кирилла Александрийского. Об этом свидетельствует, в частности, толкование некоторых выражений «Ареопагитик» в смысле теопасхитской формулы, подчёркивающей одновременно и то, что единственным субъектом воплощения, страдания и смерти был Бог Слово, и то, что всё человеческое Он претерпевал не по божеству, но по плоти. При этом, как отмечают П. Рорем и Ж. Ламоро, Иоанн Скифопольский максимизирует по сравнению с «Ареопагитиками» всё, что касается реальности человеческой природы Христа, Его страдания, страстей и смерти, порой делая толкуемый текст близким к кенотическому богословию апостола Павла. Примером ориентации на богословие апостола Павла исследователи называют толкование Иоанном Скифопольским «богоначальной немощи», которая понимается применительно не только к Воплощению, но и ко Кресту. Особый интерес для исследователей среди его схолий, посвящённых христологической тематике, представляют схолии к четвёртому Посланию к Гаию, которое, в первую очередь, из-за выражения «новое богомужное действие» стало главным предметом полемики во время споров с моноэнергистами и монофелитами. Хотя на Иоанна Скифопольского в контексте этой полемики ссылались и патриарх Иерусалимский Софроний I, и папа Агафон, однако прямых ссылок на его схолии к четвёртому Посланию к Гаию у них или у кого-либо из других авторов (как диэнергистов, так и моноэнергистов) исследователям обнаружить не удалось. В «Doctrina Patrum», а также в Деяниях Латеранского (649 г.) и Константинопольского (680–681 гг.) соборов приводится диэнергистский отрывок Иоанна Скифопольского из его сочинения «Против Севира», однако толкование на четвёртое Послание к Гаию, по мнению исследователей, не оказало влияния на споры VII в. Тем не менее, если обратиться к сути толкования Иоанном Скифопольским «нового богомужного действия», то, по мнению исследователей, окажется, что понимание этого выражения Софронием Иерусалимским в соборном послании 634 г. весьма близко к пониманию Иоанном Скифопольским. Оба автора говорят, что Христос иногда действовал только как Бог, иногда только как человек, а иногда и как Бог, и как человек, и именно это сложное, сплетённое из двух, или «смешанное» (выражение Иоанна Скифопольского), действие они называют «богомужним».