Исследователи считают весьма вероятным, что такое совпадение понимания у Софрония и у Иоанна Скифопольского связано с влиянием схолий Иоанна Скифопольского на Софрония. Между тем Максим Исповедник, как это исследователи видят из ряда его сочинений (в первую очередь, из развёрнутого толкования четвёртого Послания к Гаию), даёт иное (стоящее ближе к пониманию самих «Ареопагитик») толкование «богомужнего действия» в смысле двух родов «богомужного действия» во Христе; под первым родом имелись в виду страдания души и тела, которые Он претерпевал как Бог по Ипостаси (при том, что божество оставалось бесстрастным), а под вторым – чудотворения, которые действием Своей божественной природы Он совершал посредством плоти. Понимания «богомужного действия» у Иоанна Скифопольского и соборного послания Софрония у Максима Исповедника, как и у папы Мартина, исследователи не встречают. Тем не менее, толкование предшествующего места из четвёртого Послания к Гаию в предыдущей схолии Иоанна Скифопольского уже намного ближе к той трактовке «богомужного действия», которую впоследствии сформулировал преподобный Максим. Таким образом, оба диэнергистских толкования (Софрония и Максима Исповедника) восходят к Иоанну Скифопольскому. В области космологии Иоанн Скифопольский, опираясь на «Ареопагитики», полемизировал с языческой политеистической космогонией. Он также вёл полемику с гностиками-валентинианами, манихеями и мессалианами. Уча вслед за «Ареопагитиками» о причастности всего без исключения творения к Благу, Иоанн Скифопольский отвергал ереси, которые эксплицитно, как манихеи, или имплицитно, как монофизиты, противостоят материи и плоти. Следуя учению «Ареопагитик», явно отвергал совечность Бога и мира (в этом отношении Иоанн Скифопольский близок к Иоанну Филопону, который примерно в то же время вёл полемику с учением о вечности мира Прокла и Аристотеля). Более энергично, чем «Ареопагитики», Иоанн Скифопольский отстаивал учение о творении всего, в том числе и первоматерии, из ничего. Касаясь характера творения Богом мира, Иоанн Скифопольский, с одной стороны, подчёркивает, что мир творится по избытку благости Божьей, а с другой – по воле Божьей, а не каким-либо «естественным образом»; нельзя сказать, что для Бога творить так же естественно, как для паука плести паутину.