В целом Иоанн Скифопольский, с одной стороны, жёстко критикует «эллинов» (в частности, по поводу учения о совечности Бога и мира, учения об одушевлённости солнца и звёзд, отрицания учения о воскресении мёртвых), а с другой – использует ряд достижений античной и позднеантичной философии, подчёркивая близость её выводов к христианскому учению (например, по вопросу о единстве Бога, несубстанциальности зла). Использование Иоанном Скифопольским неоплатонической философии не было формальным; это лучше всего исследователи видят по тому, как он обращался к Плотину (о природе и источнике зла), толкуя «Ареопагитики», в которых используется учение Прокла, полемизировавшего по вопросу о природе зла с Плотином. Использование Иоанном Скифопольским при этом текста Плотина для толкования «Ареопагитик» парадоксально и порой несколько «несправедливо» по отношению к самому Плотину, но, как показали П. Рорем и Ж. Ламоро, оно было весьма умелым, поскольку Иоанн Скифопольский взял из его текста именно то, что необходимо для подкрепления и раскрытия точки зрения автора «Ареопагитик»; при этом Иоанн Скифопольский всегда пользуется ещё одним источником – Священным Писанием, особенно Новым Заветом, проверяя и подкрепляя его текстами свои экскурсы в философию и толкование «Ареопагитик». Иоанн Скифопольский в своём толковании, даже в философских пассажах, выступает, скорее, как богослов и пастырь, заботящийся о правильности учения (например, выступая против принципа субстанциального зла), чем как философ, которого интересуют нюансы в аргументации той или иной философской позиции. П. Рорем и Ж. Ламоро не соглашаются с мнением А.Д. Саффре в том, что Иоанн Скифопольский был «сознательным сообщником Псевдо-Дионисия в фальсификации «Ареопагитик»», поскольку он должен был прекрасно сознавать, что это сочинение написано человеком, пользовавшимся философией Прокла, который не мог жить в I в. Их аргументацию исследователи подкрепляют следующим: Иоанн Филопон как профессиональный философ был лучшим, чем Иоанн Скифопольский, знатоком Прокла, и тем не менее, он защищал подлинность «Ареопагитик», судя по атрибутируемому ему предисловию к ним. Для «верующего сознания» эпохи, в которой жил Иоанн Скифопольский, его подход к проблеме авторства «Ареопагитик» исследователи считают весьма характерным.