Поскольку имена епископов Скифополя до 536 г. и после 548 г. исследователям известны, они считают, что Иоанн Скифопольский не мог быть епископом в иное время, кроме этого промежутка. Таким образом, исследователи сделали вывод, что либо попытка передатировать жизнь и творчество Иоанна Скифопольского, отнеся их к более раннему времени, неверна, либо Иоанн Скифопольский схоластик и Иоанн Скифопольский епископ, о котором говорят Леонтий и Софроний Иерусалимские, – два разных лица. Это – один из вариантов решения проблемы передатировки, который предлагает В.М. Лурье. Другая рассматриваемая им возможность состоит в том, что Скифопольского епископа Иоанна вообще не существовало, а последующая традиция на основании авторитета Леонтия Иерусалимского приписала епископство мирянину-схоластику. При этом В.М. Лурье исходит из того, что упоминание Иоанна Скифопольского как епископа у Леонтия Иерусалимского относится, согласно датировке его жизни, предложенной Д. Краусмюллером, не к VI, а к VII в. (т.е. в этом случае Иоанн Скифопольский и Леонтий Иерусалимский не были современниками, и свидетельство Леонтия Иерусалимского оказывается менее достоверным). Гипотеза ван Эсбрука-Лурье в настоящее время не получила признания в научном сообществе, Иоанна Скифопольского, схоластика и епископа, принято отождествлять. Вместе с тем исследователи соглашаются с В.М. Лурье, что почитание Иоанна Скифопольского св. отцом, как видно и из послания папы Агафона, имело место уже в VII в. Третий не дошедший до нас трактат Иоанна Скифопольского был направлен против Василия Киликийца, отождествляемого П. Роремом и Ж. Ламоро с автором «Церковной истории» (охватывающей период 450–527 гг.), который написал пространный трактат из 16 книг против Иоанна Скифопольского. Сведения о трактате Иоанна Скифопольского против Василия Киликийца (условное название «Против несториан»), сохранившиеся у патриарха Фотия, скудные, но достаточно подробно изложена позиция самого Василия Киликийца, который, как полагают исследователи, был строгим дифизитом, представителем Антиохийской школы, и выступал против теопасхитской формулы, т.е. против толкования Халкидонского собора в духе Александрийского епископа Кирилла, за что был обвинён Иоанном Скифопольским в несторианстве. Именно вокруг этой проблематики и разгорелась полемика, в которой Иоанн Скифопольский выступил как защитник теопасхитской формулы и богословия святителя Кирилла, т.е. с позиций, которые впоследствии были характерны для пятогоВселенского собора. Согласно П. Рорему и Ж. Ламоро, эта полемика имела место, вероятно, в 520 гг., во время споров вокруг теопасхитской формулы; при этом они не считают достоверными сведения, приводимые патриархом Фотием, что полемика состоялась при Антиохийском патриархе Флавиане (498–512 гг.). Напротив, В.М. Лурье, ссылаясь на М. ван Эсбрука, утверждает, что следует принять именно эту дату.