Что касается неоплатонических терминов, то Иоанн Скифопольский зачастую подбирает для их обоснования и раскрытия соответствующие места из Священного Писания, не вступая при этом в полемику с идеей их неоплатонического происхождения. По мнению П. Рорема и Ж. Ламоро, из подобных мест нельзя сделать вывод о том, что Иоанн Скифопольский отдавал себе отчет в зависимости «Ареопагитик» от неоплатонической философии. По отношению к Священному Писанию и Преданию он выказывает творческую свободу: например, называет Иерофея, учителя Дионисия, святым и учеником апостола Павла, хотя ни о том, ни о другом в Новом Завете не говорится (что Иерофей – ученик апостола Павла, не говорится и в «Ареопагитиках»). Нередко Иоанн Скифопольский прибегает в толковании «Ареопагитик» к знаниям языческих ритуалов и праздников, толкуя те или иные термины в широком культурном контексте, в котором христианство соприкасалось с поздней античной культурой. Необычной, как подчеркивают П. Рорем и Ж. Ламоро, является стратегия цитирования Иоанном Скифопольским св. отцов. Он чаще всего ссылается на доникейских отцов, а из посленикейских не идёт дальше представителей каппадокийской школы и святителя Иоанна Златоуста, не ссылаясь, например, на Кирилла Александрийского; не ссылается он и на церковные Соборы. Что касается Оригена и Евагрия, то встречаются как ссылки позитивного характера на этих спорных в то время авторов, так и негативные отзывы о них. В целом же в подходе Иоанна Скифопольского к использованию святоотеческих источников исследователи прослеживают тенденцию толкования «Ареопагитик» с помощью авторов, более близких по времени к священномученику Дионисию (т.е. к I в.). Из других важных особенностей схолий Иоанна Скифопольского П. Рорем и Ж. Ламоро отмечают то внимание (порой даже большее, чем в самом корпусе «Ареопагитик»), которое он уделяет теме иерархии, в первую очередь, церковной. Исследователи не без оснований считают, что акцент на роли епископа (с которым Иоанн Скифопольский отождествляет «иерарха» «Ареопагитик») в церкви, на важности церковной дисциплины является естественным в устах епископа; это может служить дополнительным аргументом в пользу датировки схолий временем епископства Иоанна Скифопольского, когда он мог сталкиваться с монахами-оригенистами. Одной из важнейших задач, которую поставил Иоанн Скифопольский в Прологе к «Ареопагитикам» и которую он решает в схолиях, является доказательство подлинности «Ареопагитик», т.е. в его понимании принадлежности корпуса священномученику Дионисию. Исследователям известно, что подлинность «Ареопагитик» ставилась под вопрос во время проходившего в 532 г. под эгидой императора Юстиниана I спора православных с монофизитами. Тогда именно православная сторона (Эфесский епископ Ипатий) выразила сомнение в подлинности «Ареопагитик».