Рассуждая в рамках августинианской традиции, он часто отождествлял спасение и оправдание (iustificatio). По словам Иоанна Базельского, «оправдание нечестивого есть излияние благодати и отпущение вины». В объективной стороне оправдания он видел взаимодействие нескольких факторов: по его утверждению, вся Святая Троица как Единый Бог избавляет человека от греха «первоначально и действенно», Христос совершает это «сопроводительно, инструментально и устрояюще», а изливающаяся в человека божественная благодать участвует в деле спасения «формально и проникающе». По мысли Иоанна Базельского, спасение человека может осуществляться лишь в «истинной», т.е. католической церкви: «Вне Римской Церкви нет никакого пути спасения. Если Бог хочет даровать кому-либо спасение, Он даёт ему единство с Церковью, и потому никто не спасается вне её». Таким образом, для Иоанна Базельского неприемлемо выдвигавшееся некоторыми его современниками, в частности, Иоанном из Калоре, мнение, что человек может спастись «в свой общине» (in secta sua), т.е. в любом религиозном обществе, искренне почитающем Бога. Развивая учение Августина Блаженного о Божественном предопределении, Иоанн Базельский писал о двух видах предопределения: предопределение в узком, или собственном, смысле – это избрание, «предназначающее к жизни» (praedestinatio electiva). В широком смысле слово «предопределение» может обозначать не только избрание добрых людей, но и отвержение злых людей (praedestinatio reprobativa). Предопределение совершается в вечности, поэтому, согласно Иоанну Базельскому, нельзя говорить, будто Бог «начинает предопределять кого-то» в какое-то время. Поскольку предопределение есть проявление вечного суда Божия, оно никак не может быть изменено. Предопределение добрых людей к вечной жизни Иоанн Базельский называет «благодатью предопределения» (gratia praedestinationes), или первой благодатью, которую всякий человек получает даром, без каких-либо своих предшествующих заслуг. Единственным основанием избрания человека является решение Бога помиловать его, а единственным основанием отвержения – отсутствие такого решения. Хотя Божественное предопределение непреложно, воля человека также принимает участие в деле его спасения. Согласно Иоанну Базельскому, Божественное воздействие может подвигать волю человека к тому, чтобы она желала добра. При этом к злу Бог никого не подвигает, но при любом греховном действии Он «не действует, но лишь попускает (permittit) [это]». Таким образом, Бог не есть «ни причина, ни творец зла». В случае добрых дел воля человека и «нетварная благодать» Бога действуют совместно, при этом Бог не принуждает человека к добру, но лишь предлагает необходимую помощь. Эта помощь есть действие Святого Духа, Который, по мысли Иоанна Базельского, существует как особая «внутренняя форма» в человеческой душе, «нетварная любовь».