Подробный анализ учения Иоанна Базельского о грехе и спасении был осуществлён А. Цумкеллером, который из всех основных сочинений Иоанна Базельского собрал соответствующие высказывания и оформил их в виде последовательной системы. Согласно Иоанну Базельскому, который опирался на учение Августина Блаженного, человек был сотворён Богом наделённым «благом прирождённой праведности» (bonum originalis iustitiae). Эта праведность обеспечивала верную иерархию в человеке: его тело подчинялось «оживотворяющей душе», чувства подчинялись «разумно избирающему решению», а дух подчинялся Самому Богу. Подобное устроение человека открывало для него возможность тройного движения к совершенству: природного, добродетельного и морального. Несмотря на свою природную праведность, первый человек не был по природе непогрешимым (impeccabilis), но мог получить таковое качество лишь по благодати (ex gratia) Бога, дарующего особый дар «предохранения» (praeservatio) от греха. Тем самым Иоанн Базельский вводит важнейший тезис августинианского богословия: человек без Божественной помощи не может избежать греха. В отличие от большинства схоластов и теологов-августинцев, в частности, Эгидия Римского и Фомы Страсбургского, Иоанн Базельский утверждал, что первый человек имел особую «освящающую благодать» (gratia gratificans), т.е. ту самую благодать Святого Духа, которую ныне верующие получают в церкви. Благодаря наличию этой благодати он мог уклониться от зла и тем самым приобрести добрую заслугу. Однако, как повторяет Иоанн Базельский вслед за Августином Блаженным, «сохранения в даре благодати» Бог первому человеку не даровал, поэтому он поддался искушению и лишился своего невинного состояния. Затрагивая коротко вопрос о последствиях грехопадения для человека, Иоанн Базельский, как и Августин Блаженный, выделял «неведение» (ignorantia) и «нужду» (difficultas) как основные свойства падшей природы. При этом человек сохранил природную способность поступать добродетельно при условии помощи «общего воздействия Бога». Человеческая воля, согласно Иоанну Базельскому, в результате грехопадения не изменилась сущностно (essentialiter), но лишь оказалась обессиленной. В учении о первородном грехе Иоанн Базельский опирался на положения Августина Блаженного и церковную традицию, закреплённую, в частности, в «Сентенциях» Петра Ломбардского. Согласно Иоанну Базельскому, первородный грех не есть что-то природное (naturalis), но есть нечто происходящее от природы (a natura). Он не является проявлением внутренней свободы человека, но есть лишь реализация внешнего свободного решения. По отношению к Богу первородный грех должен пониматься как «вина», т.е. как нечто подлежащее неизбежному наказанию. Бог не является производящей причиной греха, Он лишь допускает его и потому есть не более чем «дозволяющая причина» (causa permissiva).