Занявший в 1385 г. должность официального генерала Ордена августинцев Варфоломей Венецианский запретил авиньонской части членов Ордена подчиняться Иоанну Базельскому, а после его смерти поминать его (condemnatio memoriae) за богослужением. Чтобы противодействовать расширению авиньонской обедиенции Ордена, Варфоломей регулярно проводил капитулы в Германии и в Венгрии, запретил членам Ордена учиться и преподавать в Парижском университете (большинство преподавателей Парижского университета поддерживало авиньонского антипапу), выделил в Ордене Аквитанскую провинцию, которая, в отличие от Тулузской, была подчинена Римскому папе Урбану VI. Климент VII назначил Иоанна Базельского своим легатом во Франции, в Англии и на приграничных северо-западных германских территориях. В своих проповедях тот активно призывал признать законным папой Климента VII. По мнению некоторых историков, именно под влиянием проповедей Иоанна Базельского герцог Леопольд III Австрийский признал антипапу. Однако сохранились свидетельства борьбы представителей светской власти с Иоанном Базельским. Так, пфальцграф Рейнский Руперт, имея в виду Иоанна Базельского, распорядился не пускать в Страсбург «августинца, которого называют «Ангел», проповедующего против веры и нашего духовного отца, папы Урбана». 10 марта 1389 г. Иоанн Базельский оставил пост генерала Ордена августинцев и был назначен епископом города Ломбес. 17 марта 1389 г. Римский папа Урбан VI приказал арестовать его как пособника схизматиков, однако распоряжение не было выполнено. В последние годы жизни по поручению Климента VII Иоанн Базельский несколько раз посещал германские прирейнские земли и Испанию. Иоанн Базельский скончался в сентябре или 10 октября 1392 г.; похоронен в церкви августинского монастыря во Фрайбурге-им-Брайсгау. Исследователи полагают, что в 1357 г. Иоанн Базельский написал трактат о бедности, который впоследствии вошёл в состав комментариев на «Сентенции» Петра Ломбардского. Об особом внимании Иоанна Базельского к проблемам, связанным с бедностью и нравственным идеалом августинцев, известно из послания, отправленного им писателю и проповеднику Иордану из Кведлинбурга (под влиянием этого послания Иордан приступил к работе над трактатом «Liber Vitasfratrum» с биографиями знаменитых членов Ордена августинцев). В 1365 или в 1366 г. Иоанн Базельский закончил работу над обширным трактатом «Scriptum in quatuor libros Sententiarum» («Сочинение по четырём книгам “Сентенций”»), который лёг в основу курса лекций, прочитанных в Парижском университете. Сочинение «Responsiones seu decem Quaestiones theologicae» («Ответы, или десять богословских вопросов») было подготовлено для получения звания бакалавра (1366 г.).