Представленное в комментариях к «Сентенциям» и в теологических «вопросах» богословское учение Иоанна Базельского в целом характеризуется строгим следованием сложившейся к XIV в. августинской традиции и «общему мнению» («sententia communis») предшествующих церковных учителей и теологов. Среди богословских авторитетов первым был Августин Блаженный, которого, по подсчётам Д. Траппа, Иоанн Базельский цитирует в сочинениях более 800 раз. В число наиболее часто цитируемых Иоанном Базельским представителей средневековой схоластики входят Эгидий Римский, Фома Страсбургский, Григорий Риминийский, Фома Аквинский, Генрих Гентский, Иоанн Дунс Скот. По мнению исследователей, Иоанн Базельский знал мнения древних отцов церкви не только по средневековым подборкам цитат, но читал их полные сочинения, что указывает на его образованность. В богословии стремился избежать крайностей и новшеств; с осторожностью относился к большинству радикальных мнений, которые отстаивались некоторыми августинскими теологами XIII–XIV вв. Иоанн Базельский не разделял присущего некоторым августинцам негативного отношения к философии; так, например, он критиковал Гуголина из Орвието, который призывал полностью отказаться от использования идей Аристотеля в области теологии. Умеренную позицию Иоанн Базельский занимал в области христологии, в частности, полемизируя с Николаем Оремом по вопросу о «взаимообщении свойств» («communicatio idiomatum») во Христе. Среди богословских тем, которые разрабатывал Иоанн Базельский и которые привлекали внимание исследователей, важное место занимают учение о способах обоснования религиозной веры, о власти апостола Петра и Римских пап как его преемников, о свойствах Ипостаси Христа. Хотя в целом в учении о Боге Иоанн Базельский лишь повторяет мысли предшествующих церковных писателей, в его философском учении о так называемых совершенствах (perfectiones) Бога и творения, излагаемом в первом «вопросе» по первой книге «Сентенций» Петра Ломбардского, присутствуют оригинальные идеи, важные для понимания некоторых общих тенденций схоластического богословия XIV в. Согласно Иоанну Базельскому, Бог есть «корень, источник и полнота всякого совершенства», обнаруживаемого человеком в творении. Описывая Бога как Источник всякого совершенства, Иоанн Базельский использовал часто встречающееся в Псалтыри выражение «Лицо Господне» (см.: Пс. 4:7; 41:3; 66:2; 79:17; 88:16; 89:8), называя Его также «первое Лицо» (primus vultus) или «высшее Лицо» (summus vultus). Слово «лицо» указывает на связь между Богом и творением, подчёркивая важное для мистического богословия соотношение видимого и видящего в едином познавательном акте. Согласно Иоанну Базельскому, Бог и мир относятся друг к другу так же, как необходимое относится к контингентному.