В целях усиления контроля архиереев над епархиальной жизнью царь предложил разделить территорию Русской церкви на 12 митрополичьих округов, состоящих из 72 епархий, в каждом из митрополичьих округов предусматривалось организовать от двух до 20 епископских кафедр. Данный проект, соответствовавший греческой системе управления, должен был значительно ограничить власть патриарха. Собор решительно отклонил предложение царя, поддержав лишь мысль о необходимости открытия новых кафедр. После долгих споров были образованы четыре епархии: Холмогорская, Великоустюжская, Воронежская и Тамбовская (по мнению исследователей, более ранний проект изменения административного устройства Русской церкви, автором которого был любимец царя и его бывший воспитатель латинофил Симеона Полоцкий, предусматривал учреждение помимо митрополичьих округов четырёх патриарших кафедр (Новгородской, Казанской, Ростовской и Крутицкой); первоиерархом Русской церкви мыслился Никон, который после возвращения из ссылки должен был воспринять титул папы, а Иоакима предполагалось перевести на Новгородскую кафедру; смерть Симеона Полоцкого (25 августа 1680 г.) и кончина Никона (17 августа 1681 г.) сделали этот проект неактуальным). В другой инициативе царя (борьбе с местничеством) Иоаким поддержал Фёдора Алексеевича и одним из первых в 1682 г. подписал указ об отмене местничества, участвовал в публичном сожжении разрядных книг. Несмотря на то что отцы Собора 1682 г. приняли ряд постановлений с целью ограничить распространение раскола церковными средствами, гораздо большие надежды архиереи возлагали на гражданскую власть и просили воевод, приказных людей и вотчинников содействовать борьбе с «церковными мятежниками». Упорное пребывание в расколе Собор определил считать преступлением, подлежащим гражданскому суду. Исследователи полагают, что по инициативе Иоакима Собор решил для преодоления чрезвычайно распространившегося нищенства упорядочить систему богаделен. Иоаким ещё раньше начал осуществлять этот проект и подал пример устройством богаделен в столице (для поддержания московских заведений он установил дополнительный сбор с епархий). Весной-летом 1682 г. в Москве произошли массовые волнения, в которых тесно переплелись политические и вероисповедные требования. Под давлением восставшего стрелецкого войска и князя Ивана Андреевича Хованского Иоаким был вынужден согласиться на открытый диспут со старообрядцем Никитой Константиновичем Добрыниным. 5 июля 1682 г. в Грановитой палате Московского Кремля состоялись публичные «прения о вере», проходившие при крайнем накале страстей. В пылу полемики Никита Добрынин избил любимца и ставленника Иоакима Холмогорского архиепископа Афанасия (Любимова).