Исследователи не сомневаются, что по заказу патриарха Игнатий (Римский-Корсаков), архимандрит Новоспасского московского в честь Преображения Господня монастыря, написал «Слово на латин и лютеров» с критикой «первосоветника» (книга Василия Васильевича Голицына), который «купли ради временныя и подарков» пошёл навстречу «иноверцам» (в сочинении «первосоветник» сравнивается с царём Соломоном, который устраивал «капища» иноплемённым жёнам, автор угрожал князю В.В. Голицыну судьбой, постигшей посадника Добрыню, который, польстившись на дары, разрешил построить латинский храм в Новгороде). Исследователям известен эпизод, когда на поддержанную царём Фёдором Алексеевичем просьбу польских послов духовного звания присутствовать на патриаршей службе Иоаким ответил резким отказом: «А еретикам во святилище быти... невходно». Патриарх настоял на том, чтобы за торжественным обедом у царя 28 февраля 1690 г. по случаю рождения царевича Алексея Петровича не присутствовали иноземцы. В 1689 г. при участии Иоакима были осуждены протестантские проповедники Квирин Кульман и К. Нордеман. В 1690 г. из Москвы по решению Иоакима были высланы иезуиты. Патриарх был твёрдым противником распространявшегося при дворе поляками и украинцами и любимого царём Фёдором партесного пения. В духовном завещании Иоаким призывал русских людей противостоять иностранному влиянию, напоминая, что он всегда с ним боролся, в частности, протестовал против назначения в русские полки командирами «еретиков-иноверцев». В завещании Иоаким призывает русских правителей «еже бы иноверцам-еретикам костёлов римских, кирак немецких и татаром мечетей в своём царствие и обладание всеконечно не давати строити нигде и новых латинских иностранных обычаев и в платии премен по-иноземскии не вводити». Для утверждения в России просвещения, ориентированного на греческую традицию, при активной поддержке Иоакима в 1681 г. на Печатном дворе была устроена школа «греческого чтения, языка и письма» (Типографская школа), во главе которой был поставлен Тимофей, посланник Иерусалимского патриарха Досифея. В школе было два отделения: греческое и славянское, в 1686 г. в ней учились 233 юноши. В дни больших праздников патриарх принимал у себя педагогов и учеников, декламировавших произведения на греческом и церковнославянском языках, после чего школяры и их наставники получали от первосвятителя подарки. Иоаким выделял школе книги из патриаршей библиотеки. В 1685 г. в московском в честь Богоявления монастыре открылась Славяно-греко-латинская академия во главе с братьями Лихудами. Вскоре в монастыре при поддержке патриарха было построено для академии новое здание.