Фактически сорвав «прения», старообрядцы поспешили объявить о своей победе. Между тем хула на патриарха и священноначалие, избиение иерарха представляли собой преступление, по нормам Соборного уложения 1649 г. каравшееся смертью. 7 июля по приказу Софьи Алексеевны Никита Добрынин был предан церковному суду, 11 июля передан светским властям и казнён. Июльский диспут в Грановитой палате отразился в двух сочинениях, подписанных именем Иоакима, – в «Слове на Никиту Пустосвята» и в «Увете духовном». «Слово на Никиту Пустосвята» было опубликовано уже в июле 1682 г. сразу в двух редакциях – пространной и краткой. «Увет духовный», долгое время приписывавшийся Иоакиму, был создан Холмогорским архиепископом Афанасием (Любимовым), издан 20 сентября 1682 г. В книгу вошло принадлежащее перу Иоакима «Возглашение увещательное всему российскому народу». В 1683 г. увидело свет сочинение Иоакима «Слово благодарственное об избавлении Церкви от отступников», содержавшее описание восстания 1682 г. Позднее Иоаким продолжал борьбу со старообрядчеством. Вследствие участившихся в первой половине 1680 гг. массовых самосожжений старообрядцев в 1685 г. при содействии патриарха был издан государственный закон, согласно которому подстрекательство к самосожжению наказывалось смертной казнью. Сторонников «гарей» после возвращения в православие надлежало отправлять в монастыри, предварительно подвергнув бичеванию. Суровые наказания предусматривались для сочувствовавших старообрядцам, их имущество отписывалось в казну. Закон 1685 г. вынудил старообрядцев бежать в отдалённые районы страны и за границу. Значительное место в деятельности Иоакима занимала политика, нацеленная на осуществление и продолжение тех решений Собора 1666–1667 гг., которые были направлены на обособление духовного сословия и его подчинение исключительной юрисдикции духовных властей. Первый шаг в этом направлении был предпринят им как Новгородским митрополитом, когда Иоаким запретил десятинникам – светским лицам собирать церковную дань, её должны были собирать поповские старосты, а за освобождение от их поездок был установлен налог, который шёл на содержание светских слуг архиерея. По решению Собора 1675 г. такие порядки были распространены на всю страну. В грамотах Иоакима 1681 г. устанавливалось, что в случае конфликта между мирскими и духовными людьми дело должно рассматриваться в суде епископов. В этом плане положение духовных лиц при Иоакиме приближалось к положению католического духовенства, которое пользовалось «privilegium juri». В 1686 г. Иоаким разослал грамоты о неподсудности духовенства гражданским властям, тогда же подтверждённые царской грамотой, в 1688 г. послал аналогичную грамоту Новгородскому митрополиту Корнилию.