В 1678 г. стали очевидны симпатии Фёдора Алексеевича и его окружения к Никону. По свидетельству биографа Никона Ивана Корнильевича Шушерина, самодержец неоднократно обращался к Иоакиму с просьбой освободить низложенного патриарха из заточения и разрешить ему жить в Воскресенском монастыре (по-видимому, в связи с этими планами стоит проект Симеона Полоцкого о преобразовании епархиального деления Русской церкви и об усвоении Никону сана папы), на что Иоаким отвечал решительным отказом. Без согласия первосвятителя царь повелел перевезти Никона в Воскресенский монастырь; по-видимому, предполагалось, что бывший патриарх также прибудет в Москву, где его встретит царь. Однако в пути Никон скончался. Иоаким отказался благословить совершение похорон по чину погребения патриарха и не участвовал в церемонии, состоявшейся 25 августа 1681 г. в присутствии царской семьи. По мнению исследователей, в результате этого конфликта отношения между царём и Иоакимом обострились, что вылилось в столкновение, поводом для которого стало решение царя о возведении в сан митрополита 25 марта 1682 г. своего любимца – Суздальского архиепископа Илариона. Действия царя вызвали гнев Иоакима, который снял с себя знаки архиерейского сана и облёкся в простое монашеское платье, угрожая оставить патриарший престол. Вскоре конфликт был исчерпан, и не позднее 16 апреля того же года Иларион получил сан митрополита. В октябре-ноябре 1675 г. Иоаким предал архиерейскому суду Коломенского архиепископа Иосифа, позволявшего себе выпады по адресу первоиерарха. По инициативе Иоакима 14 марта 1676 г. Собор осудил и приговорил к ссылке в Кожеезерский в честь Богоявления мужской монастырь духовника умершего царя Алексея Михайловича протопопа Андрея Саввиновича Постникова. В апреле 1685 г. Собором был осуждён Смоленский митрополит Симеон (Милюков). По мнению П.Н. Попова, главной причиной осуждения было несогласие митрополита Симеона с Иоакимом по вопросам церковной жизни (в октябре 1686 г. после покаяния митрополит Симеон вернулся на кафедру). При этом Иоаким не был сторонником крайних мер наказания противников; по-видимому, он не был причастен к приказу о сожжении пустозёрских узников 14 апреля 1682 г. С конца 1660 гг. в Москве шли споры о времени преложения Святых Даров, инициатором которых был бывший воспитатель детей царя Алексея Михайловича Симеон Полоцкий, который отстаивал католическую точку зрения в этом вопросе. Иоаким в данной полемике поддерживал грекофилов (Епифания (Славинецкого), Евфимия Чудовского, братьев Лихудов). Он не мог действенно противостоять Симеону, который пользовался полным доверием царя Фёдора Алексеевича и царевны Софьи и создал в 1679 г. (возможно, в 1677 г.) в царских покоях («в Верху») независимую от патриаршей цензуры типографию (была закрыта по настоянию Иоакима в феврале 1683 г., после смерти Симеона).