Иоаким защищал имущественные интересы духовенства, при этом стремился к ослаблению связи между приходскими священниками и светскими патронами храмов и к установлению контроля архиереев над церковной собственностью. В 1675 и 1687 гг. патриарх издал указы об установлении одинаковых для всех епархий налогов в пользу епископских кафедр. В 1676 г. был выпущен царский указ, запрещавший отмежёвывать приходским храмам земли. Иоаким сумел настоять на его отмене. Патриарх добился решения Боярской думы от 25 августа 1680 г. о наделении новопостроенных в Московском уезду церквей «из помещиковых и вотчинниковых земель» по определённым нормам. На всю территорию государства эти порядки были распространены писцовыми наказами 1681 и 1684 гг. Земли эти закреплялись за церковью в вечное владение и записывались в Патриаршей области в книгах Казённого приказа. Светский патрон храма теперь уже не мог распоряжаться землёй и доходами с неё по своему усмотрению. Одновременно устанавливался контроль над этими владениями со стороны архиереев. Вся земля, находившаяся в пользовании церковных учреждений, начала рассматриваться как церковная собственность. В 1685 г., при новом межевании, патриарх пытался оградить неприкосновенность церковных имений от произвола писцов. Его политика получила продолжение в действиях таких архиереев, как Александр Устюжский, Псковский архиепископ Маркелл, Афанасий Холмогорский, которые стремились освободить церковные земли от патроната приходских общин Севера России. Очевидно, что речь идёт о системе мер, которую целеустремлённо осуществлял епископат во главе с первоиерархом. Иоаким прилагал много усилий для поддержания авторитета патриаршей власти, боролся с личными противниками. Одну из главных опасностей в этом отношении для него представлял ссыльный Никон, не признавший законности суда над ним, не считавший Иоакима патриархом и называвший в письмах и челобитных патриархом себя. Весной 1676 г., вскоре после кончины царя Алексея Михайловича, Боярская дума и Иоаким постановили перевести Никона из Ферапонтова Белозерского в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужского монастыря в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь с более строгим режимом содержания. Несмотря на неприязнь Иоакима к низложенному первоиерарху, исследователи не могут считать Иоакима инициатором этого решения, авторами которого, в первую очередь, были бояре, резко настроенные против Никона (в первые месяцы после кончины Алексея Михайловича при дворе были сильны старообрядческие настроения). На заседании Думы патриарх даже выступил против предложения бояр заключить Никона в земляную тюрьму в Кирилловом монастыре (т.е. поступить с ним подобно тому, как Алексей Михайлович поступил с Аввакумом Петровым, Лазарем, Епифанием и Фёдором Ивановым). 14 мая решение Думы было утверждено Собором.