После 1680 г. взгляды Симеона распространял его ученик Сильвестр (Медведев), осуждения которого в 1688–1689 гг. добивался патриарх. Конец спорам положило проведённое осенью 1689 г. следствие о заговоре Фёдора Шакловитого, участником которого был признан Сильвестр, казнённый 11 февраля 1691 г. (среди прочего его обвиняли в том, что он надеялся при посредстве Софьи Алексеевны занять патриарший престол, низложив Иоакима). С целью авторитетного окончания богословской полемики патриарх обратился к другим иерархам. Иерусалимский патриарх Досифей II Нотара отправил в ответ сочинения архиепископа Симеона Фессалоникийского, «Православное исповедание» Петра (Могилы) и другие произведения, прислал книги также и Молдавский митрополит Досифей; их переводил чудовский инок Евфимий и свидетельствовал Иоаким. Созванный Иоакимом в январе 1690 г. Собор осудил Сильвестра (Медведева) и запретил к распространению книги православных авторов (преимущественно украинских), содержащие «латинские ереси». Были запрещены сочинения Симеона Полоцкого, Петра (Могилы), Иннокентия (Гизеля), Иоанникия (Галятовского), Лазаря (Барановича), Сильвестра (Косова) и др. Цензуре подвергся первый том «Книги житий святых» Димитрия Савича (Туптало); патриарх потребовал изъятия и переделки листов, на которых, по его мнению, содержались суждения, не согласные с учением православной церкви. По распоряжению Иоакима были составлены произведения, в которых православная позиция в отношении вопроса о времени преложения Святых Даров нашла наиболее полное выражение, – «Остен» (автор Евфимий Чудовский) и «Щит веры» (автор архиепископ Афанасий (Любимов), название произведению дал Иоаким.). Сборник «Остен» долгое время приписывался Иоакиму. В действительности патриарху принадлежат вошедшие в сборник послание Киевскому митрополиту Гедеону (Святополку-Четвертинскому) и Черниговскому архиепископу Лазарю (Барановичу) и поучение, произнесённое на Соборе 1690 г. Иоаким был резким противником иностранного влияния на русское общество. Исследователи не сомневаются, что по благословению патриарха в чин поставления Ионы (Тугаринова?) во епископа Вятского и Великопермского (23 августа 1674 г.) было внесено обязательство не вступать в общение «с латины, и с люторы, и с калвины, и со иными еретикы». В 1681 г. Иоаким поручил Сильвестру (Медведеву) выступить с публичным обличением взглядов приехавшего в Москву кальвиниста-проповедника Яна Белобоцкого. Около 1682 г. окружной грамотой патриарх запретил покупать и продавать иконы, написанные на бумажных листках, особенно «немецкия, еретическия». При активном участии Иоакима была начата кампания против решения правительства Софьи Алексеевны предоставить протестантам и католикам право строить каменные храмы.