В научной литературе с именем Иоакима связывают появление нескольких богослужебных чинопоследований: чина поставления священника, подготовленного к печати в 1679 г., но так и не вышедшего в свет; чинопоследования архиерейской хиротонии 1682 г.; чина «сочинения святаго мира», составленного в марте 1683 г. При Иоакиме произошло значительное сокращение славянско-русской части месяцеслова, что объясняется следованием решениям Собора 1666–1667 гг., фактически запретившего местное прославление русских святых. При издании Устава церковного в 1682 г. из месяцеслова было исключено до 50 имён русских святых, большинство из них было возвращено в месяцеслов после смерти Иоакима, в 1695 г. При Иоакиме также регулярно вносились исправления в Прологи (1675, 1677, 1685 гг.). В 1682 г. патриарх запретил изображение священнослужителями Иуды в чине умовения ног, поскольку это в глазах паствы могло уронить достоинство служителей церкви. В 1688 г., после чудесного исцеления по молитвам перед иконой Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» сестры патриарха Евфимии Петровой Папиной было установлено празднование этому образу, составлены служба (по образцу службы иконе Божьей Матери «Одигитрия») и сказание. В 1677–1678 гг. Иоаким вместе с Собором рассматривал дело об освидетельствовании мощей княгини Анны Кашинской, в результате чего было решено упразднить её почитание из-за двоеперстного сложения пальцев руки св. княгини. Деканонизация вызвала выступления старообрядцев. Отрицая чудо двоеперстия, явленное мощами св. княгини, Иоаким составил «Извещение чудесе о сложении триех перстов в знамение креста на челе» (М., 1677 г.), в котором описывалось чудо, случившееся с отставным ясельничим царя Фёдором Яковлевичем Вышеславцевым, которое убедило последнего в верности троеперстного сложения. По мнению исследователей, «Извещение чудесе о сложении триех перстов...» могло быть ответом и на другие события. В первые месяцы царствования Фёдора Алексеевича, когда он находился под влиянием сочувствовавшей старообрядцам царевны Ирины Михайловны, при дворе были сильны старообрядческие настроения. В старообрядческих источниках рассказывается о будто бы бывших царю в мае 1676 г. чудесных явлениях, которые должны были его убедить отказаться от продолжения религиозной политики отца. Об этих видениях царь, как пишет автор-старообрядец, сообщил Иоакиму, который категорически отказался им верить. В ноябре 1681 г. – феврале 1682 г. действия по укреплению православия стали предметом обсуждения предсоборных комиссий и церковного Собора. Инициатором их созыва был царь Фёдор Алексеевич, предложивший патриарху ряд мер, главной целью которых была борьба с распространявшимся старообрядчеством.