В 1238 г. в Арагоне и Наварре была введена постоянная инквизиция по южнофранцузской модели, порученная доминиканцам и францисканцам. Наваррская инквизиция вскоре была подчинена арагонской. В XIV в. инквизиция занялась преследованием спиритуалов, что стало причиной затяжных конфликтов между доминиканцами и францисканцами. Со второй половины XIV в. в арагонской инквизиции наблюдается организационная нестабильность трибуналов, частые конфликты с королём и аристократией. Верховный инквизитор Арагонского королевства Николай Эймерик в трактате «Путь инквизиторов» («Directorium Inquisitorum», 1376 г.) систематизировал процедуру инквизиционного сыска; эта систематизация легла в основу всех позднейших компиляций. Необходимость преследования еретиков в Германии возникла в начале XIII в., когда в Страсбурге была обнаружена община вальденсов, помимо них в XIII–XV вв. в Германии преследованию подвергались бегарды и бегинки, братья свободного духа, люцифериане, флагелланты и др. Регулярная доминиканская инквизиция в Германии не вводилась, что исследователи объясняют как отсутствием поддержки со стороны центральной власти в связи с постоянным конфликтом пап и императоров, так и противодействием имперского епископата, не желавшего уступать часть своих полномочий доминиканцам, а также раздробленностью империи, когда любая инициатива со стороны папы и даже императора должна была получить поддержку всех крупных светских и церковных князей империи. Наиболее удачными для немецкой инквизиции были 1369–1378 гг., когда император Карл IV обязал все светские и церковные власти содействовать доминиканским инквизиторам, однако и в этот период постоянные трибуналы и тюрьмы учреждены не были. Отсутствие в Германии к начале XVI в. оформившегося института инквизиции традиционно считается одним из факторов, обусловивших успех Реформации на германских землях. В Чехии инквизиция была введена по королевскому запросу с целью противостоять распространившейся ереси вальденсов. В 1257 г. в Чехию были направлены два инквизитора-францисканца. В XIV в. папы Иоанн XXII и Бенедикт XII неоднократно направляли туда доминиканцев и францисканцев с инквизиторскими полномочиями, однако инквизиция там не утвердилась, и преследование еретиков осуществлялось силами епископата. Когда в конце XIV в. в Чехии возникло движение последователей Джона Уиклифа, при Пражском университете сформировался кружок гуманистов, и получило широкое распространение движение гуситов, епископская инквизиция оказалась неэффективной. Инквизиционные процессы над Яном Гусом и Иеронимом Пражским были проведены на Констанцском соборе (1414–1418 гг.), затем бороться с гуситами и моравскими братьями, учение которых распространилось по Чехии, Моравии, Венгрии и Польше, приезжали инквизиторы из Италии (например, Иаков из Марки в 1435–1439 гг.).