Существовала также возможность апелляции к папе, но фактически к этому могли прибегнуть лишь состоятельные и высокопоставленные обвиняемые. Оправдание подозреваемого в ереси без рассмотрения дела Римским папой было невозможно. В случае сомнительного обвинения (suspicio levis), если обвиняемый не признавал за собой никакой вины и публично исповедовал католическую веру, выносился вердикт «обвинение не доказано». Абсолютное большинство привлечённых инквизицией к суду, признав свою вину и раскаявшись, были возвращены в лоно католической церкви. Во искупление грехов на них налагались различные епитимии (посты, дополнительные молитвы, паломничества к святым местам); применялись позорящие наказания (ношение особой одежды, публичное бичевание), но со временем телесные наказания стали заменяться штрафами. Самым суровым наказанием, налагаемым инквизицией, было тюремное заключение, которое сопровождалось конфискацией имущества (из него брались средства на содержание еретика в тюрьме). Смертных приговоров инквизиция не выносила, поскольку, согласно канонической традиции, церковь не должна проливать кровь. В случае тяжёлых обвинений с представлением доказательств вины (suspicio violens) от обвиняемого требовали отречения от заблуждений (abjuratio). Тех, за кем трибунал признавал доказанность совершённого преступления особой тяжести, а также еретиков, упорствующих в своих заблуждениях или вторично впавших в ересь (relapsi), «отпускали» из лона католической церкви, т.е. передавали светской власти, которая должна была привести приговор в исполнение (чаще всего это была казнь через сожжение). Поскольку решение по делу принималось коллегиально, то из-за необходимости собирать совещания, а также из пропагандистских соображений приговоры выносились, оглашались и приводились в исполнение не по одному, по мере рассмотрения дел, а группой, в ходе специальной торжественной церемонии, получившей название «sermo generalis» («общая проповедь» – основным элементом этой церемонии была речь инквизитора перед обвиняемыми и всеми присутствующими) или «actus fidei» («дело веры»; больше известно в португальском переводе – «auto da fe»; см. Аутодафе). Церемония проводилась в воскресенье на одной из центральных площадей города и состояла из покаянного шествия еретиков, проповеди инквизитора, отречения еретиков от заблуждений и их «примирения» («reconciliatio») с католической церковью или «отпущения» нераскаявшихся еретиков, т.е. передачи светской власти. Присутствие на подобной церемонии вознаграждалось сорокадневной индульгенцией. Инквизиционными трибуналами рассматривались также дела по обвинению в магии, колдовстве, астрологии, сатанизме и т.п.