В 1180–1190 гг. появились антиеретические законы в испанском королевстве Арагон, предписывавшие изгнание, конфискацию собственности и казнь для еретиков, а также штрафы для тех, кто сочувствуют им. В 1199 г. папа Иннокентий III декретом «Vergentis in senium» приравнял ересь к измене и оскорблению величия государя (crimen laesae maiestatis), что во многих странах каралось смертной казнью. Так, согласно Падуанскому эдикту (1224 г.) и Мельфийским конституциям императора Фридриха II Штауфена, действовавшим в Северной Италии и на Сицилии, еретики приговаривались к сожжению на костре. Решением судьи это наказание могло быть заменено вырыванием языка. В 1238 г. эта норма (без возможности замены более мягким наказанием) была распространена на германские земли, а затем вошла в Саксонское и Швабское зерцала. В 1226 г. французский король Людовик VIII предписал карать еретиков лишением прав и конфискацией имущества, а к 1270 г. в качестве основной меры наказания утвердилось сожжение. Булла папы Римского Иннокентия IV «Ad extirpanda» от 15 мая 1252 г., адресованная городам Ломбардии, Тревизской марки и Романьи, предусматривала организацию в городах советов для борьбы с ересью из 12 «честных мужей» (boni viri), которых назначали епископ и приоры нищенствующих орденов в этой местности. Согласно постановлению, подеста и правители городов, отказывавшиеся бороться с еретиками, не имели права оставаться на своей должности. В булле содержалось требование вписать законы против еретиков в статуты итальянских городов-коммун (требование будет повторено папой Климентом IV в 1266 г.). Таким образом, согласно документу, в епископствах создавались постоянные инквизиционные трибуналы. Инквизиционный трибунал состоял из одного или двух инквизиторов, назначаемых папой Римским или уполномоченным для этого папским легатом из числа монахов-пресвитеров, достигших 40 лет, благочестивого образа жизни и с богословским или юридическим образованием, местного епископа или его представителя, а также 12 человек, известных добропорядочным поведением (boni viri). Решения принимались коллегиально, но правом решающего голоса обладали инквизиторы. В помощь им назначались комиссары, которых направляли в отдалённые районы, два нотария и писцы, они вели документацию. Инквизиционное судопроизводство отличалось скрупулёзностью и обширностью документации: материалы, собранные в ходе инквизиционного процесса, спустя годы можно было использовать против тех же или других обвиняемых. Инквизиционное разбирательство в новом месте начиналось с приезда инквизитора и набора штата трибунала. При необходимости строились здания для заседаний судей и тюрьмы.