Кроме того, слабость папства в период «Авиньонского пленения пап» (1309–1378 гг.) и последовавшая за ним схизма в католической церкви (1378–1417 гг.) способствовали подчинению доминиканской инквизиции французской короне: из-за конфликтов с местной королевской администрацией (сенешалями) инквизиторы обращались за помощью к королю и со временем стали нуждаться в постоянном покровительстве монарха и Парижского парламента. Имели место назначения инквизиторов королём, а не Римским папой. Французская инквизиция участвовала в крупных средневековых политических процессах: против ордена тамплиеров, обвинённого в ереси (в 1307–1314 гг.) и уничтоженного по политическим и финансовым причинам, и против Жанны д’Арк (в 1431 г.), обвинённой в ереси по заказу англичан. В Северной Италии (Ломбардии), в частности, в Милане, находился один из центров катарской ереси; здесь также получила распространение ересь вальденсов, а в конце XIII – начале XIV вв. под влиянием францисканцев-спиритуалов возникли многочисленные еретические движения: франтичелли и так называемых апостольских братьев, сторонников Дольчино. Политическая раздробленность итальянских государств и постоянные конфликты между гвельфами и гибеллинами, сторонниками Римского папы и германского императора, осложняли организацию регулярного преследования еретиков в Италии. В начале 1230 гг. папа Григорий IX поручил розыск еретиков представителям нищенствующих орденов, и некоторые инквизиторы проявили чрезвычайную активность, работая с продуктивностью трибуналов; например, мученически погибший в 1252 г. инквизитор Ломбардии Пётр Веронский (впоследствии канонизирован Римско-католической церковью). В 1231 г. император Фридрих II ввёл инквизицию на Сицилии. В 1252 г. Иннокентий IV обязал всех светских правителей в Италии включить в законодательные своды положения о преследовании еретиков (булла «Ad extirpanda»). Действия светских властей в борьбе с еретиками должны были контролироваться нищенствующими орденами. Полуостров был поделён между двумя орденами: в Ломбардии и Генуе делами инквизиции ведали доминиканцы, а в Центральной и Южной Италии – францисканцы. В 1268 г., при короле Карле Анжуйском, инквизиция была учреждена в Неаполитанском королевстве, в 1288 г. – в Венеции. В XIV–XV вв. размах деятельности инквизиции в Италии (как и во Франции) уменьшается. В статутах Миланского герцогства с 1343 по 1495 гг. об инквизиции не упоминается ни разу; в некоторых других итальянских государствах она была полностью подчинена светской власти (в Венеции, в Королевстве обеих Сицилий). В Арагонском королевстве, где существовали очаги катарской и вальденской ересей, по инициативе доминиканца, канониста и королевского духовника Раймунда Пеньяфортского в начале 1230 гг. началось регулярное преследование еретиков силами представителей католической церкви и светских чиновников, которых назначали соответственно епископы и королевские наместники.