Тогда же объявлялся так называемый срок милосердия (tempus gratiae), т.е. период от 15 до 40 дней, когда еретики могли добровольно раскаяться в своих грехах, выдать сообщников и получить за это смягчение приговора, а «добрые христиане» под страхом отлучения от церкви должны были донести инквизитору обо всём, что им известно о местных еретиках. Для открытия процесса было достаточно одинаковых показаний двух свидетелей, имена которых не оглашались, чтобы избежать мести (в то же время анонимность свидетелей создавала условия для злоупотреблений). Получив достаточно информации, трибунал начинал допрос подозреваемых, которые должны были, не зная, в чём именно их обвиняют, доказать свою невиновность; неявка по вызову инквизитора приравнивалась к признанию вины. Минимальный возраст обвиняемого инквизицией составлял 14 лет для мальчиков и 12 лет – для девочек. Кроме того, инквизиция судила умерших (эксгумируя и сжигая их останки) и беглых еретиков (in effigie, в изображении). В ходе расследования дела допрос обвиняемого мог проводиться с применением пыток. Буллой «Ad extirpanda» папа Иннокентий IV узаконил пытки при расследовании дел по обвинению в ереси, приравняв еретиков, «убийц своих душ и осквернителей Господних таинств и веры Христовой», к разбойникам и грабителям, которых подвергали пыткам в светских судах. Однако при применении пытки запрещались нанесение тяжких увечий (лишение какой-либо конечности), убийство человека и пролитие крови, поэтому применялись такие пытки, как растяжение тела и разрыв мускулов (дыба), зажимание тех или иных органов (колодки, гаррота (железный ошейник), тиски для пальцев, «испанский сапожок»), раздробление суставов, а также пытки водой, огнём и калёным железом. Пытку разрешалось применять лишь единожды, но это указание, как правило, обходили, объявляя каждую новую пытку продолжением предыдущей. Иногда практиковались пытки свидетелей. Одной из особенностей инквизиционного судопроизводства было привлечение неограниченного числа свидетелей обвинения. Если в светских и церковных судах некоторые категории населения (слуги и иные зависимые люди, проститутки, дети, соучастники преступления) не имели права выступать свидетелями, то инквизиторы принимали показания всех, кроме «смертельных врагов» обвиняемого. Поскольку обвиняемому не сообщались не только обвинения, но и имена тех, кто дали против него показания, единственным эффективным способом защиты оставался отвод наибольшего числа возможных свидетелей обвинения путём доказательства их «смертельной вражды» к обвиняемому. Подозреваемый имел право взять адвоката, но последний мог быть сочтён сочувствующим ереси и мог сам оказаться под следствием. Кроме того, инквизиторы могли затребовать у адвоката всю информацию, полученную от клиента, и даже заставить его выступить свидетелем обвинения.