Отдельные процессы против чародейства регулярно проходили в разных странах, но систематическая так называемая охота на ведьм началась после буллы папы Римского Иннокентия VIII «Summis desiderantes affectibus» (1484 г.), признававшей существование ведьм и возлагавшей их преследование на инквизицию. На германских землях в охоте на ведьм отличились инквизиторы Генрих Инститорис и Якоб Шпренгер, написавшие в 1486 г. систематический труд о ведьмах, об их связях с дьяволом, о способах их обнаружения и уничтожения – «Молот ведьм» («Malleus Maleficarum», 1487 г.). Этот трактат стал учебником для инквизиторов в этой области и впоследствии неоднократно переиздавался. Доминиканская инквизиция была создана и наделена обширными полномочиями для борьбы с северофранцузской ересью вальденсов и широко распространившейся в Южной Франции ересью альбигойцев. После Крестовых походов против альбигойцев, расправы над ересиархами и их покровителями и захвата основных оплотов еретиков в 1209–1244 гг. количество еретиков значительно уменьшилось, но ересь не исчезла полностью. В Лангедоке была создана сеть трибуналов; центральный из них, в Тулузе, в 1307–1323 гг. возглавлял доминиканец Бернар Ги, автор руководства для инквизиторов «Ведение розыска еретической скверны» («Practica inquisitionis heretice pravitatis»), где описывались основные ереси того времени и давались указания, как преследовать еретиков, обнаруживать их, допрашивать и т.д. Сохранились собрания записи допросов, которые могут служить историческим источником сведений как об инквизиционном судопроизводстве, так и о мировоззрении еретиков (например, «Регистр Жака Фурнье», три тома документов инквизиционных слушаний в графстве Фуа – «Le Registre de l'Inquisition de Jacques Fournier, évêque de Pamier»; 1318–1325 гг.). В Северной Франции инквизиторская активность доминиканцев началась с 1233 г. и была связана с именем Роберта Бугра. Инквизиция встречала пассивное сопротивление епископов, но пользовалась поддержкой (в том числе финансовой) французский короля Людовика IX Святого, прежде всего, на территории королевского домена. В середине XIII в. рядом папских постановлений была проведена реорганизация доминиканской инквизиции в Южной и Северной Франции. Так, к 1266 г. все инквизиторы, включая членов трибуналов в Лангедоке, были подчинены парижскому провинциалу доминиканского ордена. Помимо вальденсов и катаров французская инквизиция преследовала отступников в иудаизме, с 1320 гг. – бегардов и бегинок, братьев свободного духа, спиритуалов, составлявших радикальное крыло францисканцев, и др. Со второй четверти XIV в. деятельность французской инквизиции стала менее активной, чем в предыдущие годы, из-за сокращения числа еретиков в связи с уничтожением основных очагов альбигойской ереси, из-за финансовой убыточности (конфискация имущества осуждённых перестала покрывать затраты), а также из-за тягот Столетней войны (1337–1453 гг.).