В 1908 г. Конгрегация инквизиции была упразднена, вместо неё создана Конгрегация Sanctum Officium, которую 7 декабря 1965 г. папа Римский Павел VI motu proprio «Integrae servandae» преобразовал в Конгрегацию вероучения (Congregatio pro Doctrina Fidei), в компетенции которой находится наблюдение за ортодоксальностью учения, проповедуемого в Римско-католической церкви. Историческое изучение инквизиции началось в XVI в. в рамках католических компендиумов по истории церкви. Первым посвящённым инквизиции историческим трудом стало сочинение сицилийского инквизитора Луиса де Парамо «О происхождении и развитии святой инквизиции, её достоинстве и полезности» («De origine et progressu officii S. Inquisitionis, eiusque, dignitate et utilitate», 1598 г.). В XVII в. стали выходить другие исследования по истории инквизиции, а также издания источников (например, «Пути инквизитора» Н. Эймерика или документов венецианской инквизиции). Новый этап в изучении инквизиции начался в 1808–1809 гг., когда после наполеоновских войн исследователям стали доступны архивы испанской и римской инквизиции. На основе архивных материалов бывший секретарь мадридского инквизиционного трибунала Х.А. Льоренте написал многотомную «Критическую историю инквизиции в Испании» (1817–1818 гг.), переведённую на многие европейские языки и послужившую стимулом для дальнейших исследований в разных странах (см. работы М. Менендеса-и-Пелайо, Т. Маккрая, А. Эркулано, У. Прескотта и Г.Ч. Ли). С расширением базы источников и общим развитием исторической науки в ХХ в. исследователи, в основном, перестали заниматься подтверждением протестантской «чёрной» или католической «белой» легенды об инквизиции и перешли к её изучению в русле институциональной и правовой истории. Во второй половине ХХ в. документы инквизиционных трибуналов широко использовались в работах по социальной истории, истории повседневности, микроистории (П. Шоню, К. Гинзбург, Э. Леруа Ладюри и др.). 12 марта 2000 г., в первое воскресенье Великого поста, папа Римский Иоанн Павел II и префект Конгрегации вероучения кардинал Йозеф Ратцингер (позже папа Бенедикт XVI) совершили акт покаяния за грехи отдельных представителей Римско-католической церкви в период деятельности инквизиции.