Папские инквизиторы действовали в тесном союзе со светскими и с местными церковными властями: Конрада Марбургского поддерживал епископ Хильдесхаймский, Роберта Бугра – французский король Людовик IX Святой (хотя, как полагают исследователи, именно по настоянию короля в 1239 г. папа Григорий IX отстранил инквизитора от должности и приговорил к тюремному заключению). В 1233 г. папа Григорий IX поручил расследование дел, связанных с ересями и преследованием вероотступников, доминиканцам, в 1254 г. папа Иннокентий IV буллой «Licet ex omnibus» от 30 мая разделил инквизицию на доминиканскую и францисканскую. Эти монашеские ордены представлялись идеальными кандидатами в деле разыскания еретиков в силу независимости от местных церковных иерархов и растущей (благодаря исповедуемым этими орденами принципам бедности, бескорыстия и аскезы) популярности в народе, которая могла соперничать с популярностью еретических проповедников и должна была обеспечить содействие населения в разыскании еретиков. Хотя в делах о ересях доминиканцы и францисканцы получили юрисдикцию, аналогичную юрисдикции епископских судов, местные епископы также сохраняли ответственность за искоренение ересей: они должны были сотрудничать с инквизиторами и ратифицировать инквизиционные приговоры, прежде всего, те, согласно которым еретики приговаривались к тюремному заключению и к смертной казни. Инквизиторы наделялись обширными полномочиями: отвечавшие непосредственно перед папой Римским, они не подчинялись ни местным церковным властям, ни папским легатам; руководство ордена могло воздействовать на них только как на монахов, но не как на инквизиторов. Инквизиторские полномочия давались пожизненно, и к концу XIII в. сместить инквизиторов с должности или отлучить их от церкви стало практически невозможно. Инквизиции были подсудны все; однако в случае осуждения монархов, епископов и папских нунциев решение могло быть принято только Римским папой. К середине XIII в. в каноническом праве окончательно оформилось положение о том, что для приведения приговора о смертной казни в исполнение осуждённые еретики должны передаваться светским властям, а последние обязаны прилагать все усилия для истребления еретиков, выявленных церковью. В случае отказа от исполнения этих обязанностей светский правитель отлучался от церкви, на его владения налагался интердикт, его вассалы освобождались от присяги, а земли передавались тем, кто были готовы преследовать еретиков (третий канон четвёртого Латеранского собора; булла папы Григория IX «Excommunicamus» от февраля 1231 г.). В светском законодательстве санкции против еретиков, содержавшиеся уже в Кодексе Феодосия (V в.) и сохранившиеся в составе законов варварских королей, основанных на этом Кодексе, в XII в. также получили развитие. В «Кларендонских постановлениях» (1166 г.) английского короля Генриха II ереси объявлялись вне закона, укрывателям еретиков грозило разрушение домов.