Повторное отлучение не только не достигло цели, но и укрепило решимость к сопротивлению сторонников Генриха IV среди епископов. Противники папы собрались под председательством короля на Собор в Бриксене (июнь 1080 г.) и приняли решение о низложении папы, обвиняемого вполне справедливо также и в том, что он вопреки церковному порядку ставил своих епископов на уже занятые имперские кафедры, что вело к распрям. Новым папой под именем Климент III был провозглашён лидер итальянской антипапской оппозиции Равеннский архиепископ Гвиберт, в 1084 г. короновавший императорской короной Генриха IV, который к тому времени захватил Рим. Григорий VII, в течение нескольких лет безуспешно пытавшийся сохранить власть при поддержке графини Матильды Тосканской и норманнских герцогов, умер в изгнании (1085 г.). На этом этапе борьбы за инвеституру позиции церковных реформаторов пошатнулись даже в Риме. Имперский епископат поддержал антипапу Климента III, Генрих IV продолжал сам назначать епископов, а Римский папа Урбан II (1088–1099 гг.) не отваживался напоминать ему о каноническом запрете инвеституры. Лишь к 1095 г. политическая дальновидность и готовность к компромиссам Урбана II позволили поднять авторитет Римской кафедры в Италии, на Сицилии и в Англии, а также привлечь на её сторону многих немецких епископов, чтобы вернуться к борьбе за очищение церкви. На Соборе в Клермоне (1095 г.) вновь прозвучало осуждение симонии, которая чётко связывалась со светской инвеститурой, на этот раз в форме запрета епископам и священникам становиться ленниками короля и других мирян, т.е. приносить им оммаж и клятву верности. Кроме того, мирянам запрещалось владеть церковными зданиями и пользоваться церковной десятиной. Этот канон положил начало уничтожению института частной церкви, растянувшемуся до XIII в. В 1096 г. запрет инвеституры и клятвы верности повторяются на провинциальном Соборе в Руане. Но ни Генрих IV, ни его сын Генрих V (1098–1125 гг., самостоятельно с 1106 г., император с 1111 г.) от инвеституры аббатов и епископов, дававшей им рычаги контроля над церковной организацией, главной опорой их власти в империи, отказываться не собирались. «Спор об инвеституре» продолжался ещё почти 20 лет, но уже под знаком борьбы короля за право строить свои отношения с епископами как с вассалами. После смерти антипапы Климента III (1100 г.) реформаторы во главе с папой Пасхалием II (1099–1118 гг.) сконцентрировали усилия на отношениях со светской властью и на окончательном уничтожении светской инвеституры клира. Но и Генрих V начал своё правление с претензий на право участвовать в выборе епископов, проводить их инвеституру кольцом и посохом, принимать от них оммаж и клятву верности, поскольку на рубеже XII и XIII вв., на пике развития института вассально-ленных отношений, инвеститура понималась в империи, прежде всего, как передача епископу регалий (regalia) – феодальных прав собственности, юрисдикции и администрации, т.е. как введение в ленное владение.