Поэтому именно из бургундского аббатства Клюни, получившего свободу от своего основателя герцога Гильома Аквитанского и подчинённого только папе Римскому (что означало высокий статус – «libertas romana»), впервые прозвучала совсем другая идея «libertas ecclesiae» – возвращение к идеалам апостольской церкви с её новозаветным пониманием свободы, т.е. полное освобождение церкви от управления мирянами, осуществляемого посредством раздачи церковных должностей по праву инвеституры и праву частной церкви. В строгом смысле теоретики как монашеской, так и впоследствии церковной реформы не выступали тогда за принципиальное уничтожение частной церкви: Папский престол, церковные структуры и монастыри сами основывали или получали в дар частные церковные учреждения – это был основной путь распространения реформы. Речь шла о вытеснении светской аристократии из сферы церковного управления. Главным следствием власти мирян над церковью реформаторы считали полное пренебрежение дисциплинарным контролем церкви над умами и деяниями современников, в чём усматривался корень всех зол: войн и социальной дезорганизации, падения морали и права, обмирщения священнослужителей. Речь пока шла лишь о духовном контроле, понимаемом в контексте противостояния «преходящего», «мирского» (temporalis) и «вечного», «духовного» (spiritualis) в средневековом смысле этих слов. Церковь напоминала власть предержащим об их христианском долге защитников церкви и «бедных» (в XI в. эти идеи в полной мере будут развиты движением Божьего мира) и о том, что власть мирян над «духовным», т.е. над частными церквами и аббатствами, назначение их предстоятелей и распоряжение имуществом, является попранием церковного порядка; лишь свобода от верховенства светских властей как залог успеха реформационных преобразований позволит восстановить «истинный» порядок не только в стенах монастырей, но и в миру, покончив с симонией, николаитизмом и другими злоупотреблениями в рядах служителей католической церкви. Так на смену универсалистскому мышлению приходит осознание различия сфер «духовного» и «мирского», т.е. «spiritualia» и «temporalia», в конце XI в. обоснованного епископом и канонистом Иво Шартрским также и применительно к практике инвеституры. Только в этом контексте стало возможно поставить под сомнение право короля на инвеституру и по-новому определить соотношение церковной и светской властей. Борьба церковных реформаторов с симонией также подводила к вопросу о светской инвеституре прелатов. В первые десятилетия XI в. изменившееся под влиянием реформационных настроений в среде монашества понимание «свободы церкви» вызвало принципиальное смещение акцентов и в самом понятии «инвеститура», которое обрело негативные коннотации как право «определения на должность» и в этом смысле – как вмешательство мирян в компетенцию церкви и попрание «libertas ecclesiae».