Исследователям неизвестно, было ли это низложение инициативой короля или же епископов, – обе стороны выразили недовольство укреплявшейся властью папы, так что на данном этапе в «споре об инвеституре» участвовали три заинтересованные партии, и епископы твёрдо держались за свою власть и привилегии. В письме Генрих IV обвинил папу в попрании прав императора в Риме и в Италии и в том, что он нарушил «как Божий, так и человеческий закон», своим вмешательством ущемив наследственные прерогативы короля. Письмо было размножено и распространено во всей империи. Григорий VII отлучил Генриха IV и отказавшихся подчиняться Риму епископов от церкви. На Соборе в марте 1076 г. папа низложил Генриха IV как короля (хотя отлучение от церкви само по себе уже освобождало подданных от клятвы верности). Притом что правовой аспект этого низложения был сомнителным, поскольку свой пост король получает не от папы, а от участвующих в выборах князей, его можно рассматривать как первую пробу сил в реализации примата папской власти в соответствии с заявленным в «Dictatus papae» правом папы освобождать подданных от присяги лицу, впавшему в грех. Это означало, что в основе конфликта между королём и папой лежал не вопрос об инвеституре: ключевым моментом «спора об инвеституре» была формула «свобода церкви», по-разному понимаемая обеими сторонами. Генрих IV действовал как гарант юридической свободы церковных институтов, т.е. как гарант «libertas ecclesiarum» («свободы (отдельных) церквей»), которая обеспечивалась посредством даруемых им привилегий. Папа же, опираясь на идеи и цели церковной реформы, требовал «libertas ecclesiae» не для отдельных церквей, а для всей католической церкви, т.е. той самой привилегии свободы, на которую указывали теоретики клюнийской монашеской реформы: свобода была дарована церкви от основания Христом, однако обычное право (consuetudo) исказило этот принцип. В папском понимании «libertas ecclesiae» христианская свобода воплощалась в абсолютной подвластности Богу и Его наместнику на земле – папе Римскому, который осуществлял её в миру. Дарованная церкви Христовой свобода трактовалась Григорием VII как абсолютная власть папы в католической церкви (папский примат), как невмешательство мирян, даже короля, в процесс принятия церковью решений, прежде всего, в инвеституре епископов, и как верховный авторитет папы для всего христианского мира. Отлучение Генриха IV от церкви развязало руки его политическим врагам. Саксонская оппозиция намеревалась выдвинуть своего кандидата на королевский престол, а сохранившие свои кафедры немецкие епископы поспешили перейти на сторону папы. Генриху IV не оставалось ничего иного, как в унизительных переговорах добиваться примирения с понтификом.