Летописное сообщение дополняет Иосиф Волоцкий, в «Сказании о новоявившейся ереси» повествующий о том, что прежде казни архиепископ велел за сорок вёрст от города посадить осуждённых на лошадей лицом к хвосту. Еретики были одеты в вывернутую наизнанку одежду, на головах у них были берестяные шлемы с мочальными хвостами и венки из сена и соломы, на каждом из осуждённых была надпись: «Се есть сатанино воиньство». «И повеле их водити по граду, и сретающимь их повеле плевати на них, и глаголати: “Се врази божии и христианьстии хулници!”». Сожжение еретиков в Новгороде в 1490 г. стало первым опытом внедрения на Руси западной инквизиционной практики, не свойственной раньше восточно-христианской церкви. Через месяц после Собора, 18 ноября, в Москве был хиротонисан Коломенский епископ Авраамий, «а Новгородцкии архиепископ Генадии грамоты своя полныя не прислал на его благословение» (Полное собрание русских летописей). Геннадий опасался поставления кого-либо, кто служил и причащался с еретиками, и советовал не совершать хиротонию Коломенского владыки (имени которого он не знал) до окончания дела жидовствующих. Однако мнение Геннадия в Москве было проигнорировано. В сентябре 1492 г., по сведению позднейшего Хронографа Сергея Иевлева Кубасова (Российская национальная библиотека, вторая половина XVII в.), в Москве состоялся Собор с участием Геннадия, на котором «начяша святой миротворный круг». В ноябре митрополит Зосима «соборне» (исследователи не исключают, что в присутствии Геннадия) изложил новую пасхалию на 20 лет, продолжившую старые, которые закончились в 7000 г. В декабре 1492 г. по просьбе митрополита Зосимы Геннадий составил собственную пасхалию на 70 лет. В послании новгородскому духовенству, примыкающем во многих списках к «Началу пасхалии», он писал, что митрополит Зосима прислал к нему свою пасхалию, составленную на 20 лет, и «велел к себе прислати так же написав пасхалью, на колко лет възможем. И мы послали к своему отцю митрополиту..., и отец наш Зосима митрополит к нам отписал, что нет розни никакиа нашей пасхальи с его пасхальею». Геннадий повелел переписывать и распространять пасхалию среди православных (Русская историческая библиотека). Его пасхалия помещалась в рукописных Уставах, следованных Псалтирях, сборниках смешанного состава. О составлении Геннадием пасхалии на 70 лет и ключа к ней на 533 года сообщает Новгородская вторая летопись (Полное собрание русских летописей). Геннадий использовал труд своего предшественника архиепископа Василия Калики – «Альфу» (сохранилась в списке Исторического музея). В тесной связи с борьбой против ереси жидовствующих стоит просветительская деятельность Геннадия. В сложившемся при архиерейском доме литературном кружке были созданы или переведены (с латыни или немецкого) произведения на библейские, богословские темы, а также агиографические, календарно-хронологические, грамматические, естественнонаучные, публицистические и художественные произведения; шла активная переписка книг. По мнению исследователей, первоначальным импульсом к этой деятельности была борьба с ересью, но со временем активность литературного кружка вышла далеко за эти рамки.