В том году крещенский сочельник пришёлся на воскресный день, и Геннадий разрешил братии Чудова монастыря пить богоявленскую воду после еды. Митрополит Геронтий счёл это серьёзным нарушением и хотел наказать Геннадия, скрывшегося в покоях великого князя. По требованию митрополита Геннадий всё-таки был выдан и посажен в ледник под митрополичьей палатой. Его освобождение стало следствием ходатайства великого князя и бояр. Причина конфликта заключалась в следовании различным богослужебным уставам: митрополит Геронтий руководствовался предписаниями Иерусалимского устава, Геннадий – Студийского, ранее употреблявшегося на Руси. Свидетельством доверия великого князя к Геннадию исследователи считают также тот факт, что при нём в Чудовом монастыре жил сведённый в 1480 г. с престола Новгородский архиепископ Феофил – последний архиерей, избранный новгородцами. Исследователи полагают, что через архиепископа Феофила Геннадий познакомился со сложными обстоятельствами церковной жизни в бывшем до 1478 г. независимым Новгороде. Летом 1483 г., когда решался вопрос о вдовствовавшей Новгородской кафедре, Геннадий был одним из кандидатов на её замещение. 12 декабря 1484 г. он был хиротонисан во архиепископа Новгородского и Псковского, хиротонию возглавил митрополит Геронтий. Геннадий стал первым с XII в. Новгородским архиереем, поставленным без традиционной избирательной процедуры, сопровождавшейся положением жребиев на престол. Судя по всему, другие кандидатуры на кафедру не рассматривались. Позднее Геннадий писал о своей хиротонии, что его посвящение произошло «не по моему достоиньству, еже не ослушати ми ся было своего господина и отца Геронтиа, митрополита всея Руси». Однако, учитывая то обстоятельство, что отношения между Геннадием и митрополитом не отличались взаимным доверием, в Геннадии исследователи видят в большей степени ставленника великого князя Ивана III (это подтверждает свидетельство синодального списка Псковской второй летописи о Геннадии: «От князя великого и от митрополита Геронтиа поставлен»). Некоторые современники упрекали Геннадия в том, что он «принял имением сан святительскый или мирских князей помощию». В послании Волоцкому князю Борису Васильевичу 1485 г. архиерей, оправдываясь, писал, что «от обоего того зазора чюжд есмь» (Русская историческая библиотека). В одном из списков Типографской летописи, отражающей независимое от митрополичьей кафедры ростовское летописание XV в., о поставлении Геннадия сказано: «Тое же зимы поставлен Генадей Новугороду архиепископом, а дал от того две тысячи рублев князю великому» (Полное собрание русских летописей). Геннадий прибыл в Новгород в начале 1485 г. Первым известным его деянием в качестве Новгородского архиерея стала попытка наладить отношения с Псковом – почти независимым в церковном отношении от Новгорода. Геннадий «на масленои недели присла во Псков свою грамоту благословеную, и даде в дар псковичем туреи рог окован златом, да икону локотницу на злате» (Псковские летописи). Тем не менее, отношения архиерея с Псковом были напряжёнными в течение почти всего времени его управления Новгородской кафедрой. Главным образом, это было связано с новой податной политикой Новгородских архиепископов, обусловленной конфискациями имений кафедры, которые проводила высшая светская власть.