С учением о «cogito» оказались связаны основные трудности понимания картезианских доказательств существования Бога. Этому способствовал сам Р. Декарт, создавая психологическими примерами и популярными объяснениями впечатление, что речь идёт об эмпирическом человеке с душою и телом, в то время как под «я мыслю» («cogito») он сам понимал чистое мышление (сознание). Прочитав по совету друзей текст Августина Блаженного из книги «О Граде Божьем»: «Если я обманываюсь, то поэтому уже существую; ибо кто не существует, тот не может, конечно, и обманываться, я, следовательно, существую, если обманываюсь», Р. Декарт весьма обрадовался, усмотрев у Августина поддержку своим доказательствам существования Бога. В письме к Андреасу Кольвию от 14 октября 1640 г. он писал: «Он действительно пользуется этим положением для доказательства достоверности нашего бытия и затем для того, чтобы показать, что в нас есть некий образ Троицы, поскольку мы существуем, знаем, что существуем, и, наконец, мы любим это бытие и это имеющееся знание; однако я пользуюсь тем же положением, чтобы дать понять, что именно я, мыслящий, – нематериальная субстанция, не содержащая в себе ничего телесного: а это совсем различные вещи». Понимание «я» как «мыслящей вещи», учение о ясных и отчётливых восприятиях (интуициях) как критериях истины и способах различения субъективного и объективного содержания сознания, разработанная концепция врождённых идей позволили Р. Декарту в сочинениях «Размышление о первой философии» и «Первоначала философии» развить целую систему доказательств с многочисленными ответвлениями и вариантами. В основании этих доказательств лежит онтологический аргумент. По мнению Р. Декарта, идея Бога врождена человеческому сознанию, она не дана человеку посредством ощущений, не может быть создана в качестве идеи совершенного существа нами как существами несовершенными («сомневающимися»), иначе говоря, «я» не может быть причиной идеи Бога, поэтому Сам Бог и есть конечная причина идеи Бога; или в других вариантах: «У меня не может быть идеи бесконечной субстанции в силу того, что сам я конечен, – разве только идея эта будет исходить от какой-либо воистину бесконечной субстанции»; или от присутствия в нашем сознании идеи Бога (т.е. следствия) следует восходить к причине этой идеи в нашем сознании как обладающей большей «объективной реальностью», т.е. к Самому Богу. Доказательство существования Бога построено у Р. Декарта достаточно просто. Отрицая софистическую мысль о необходимости «отделять существование (existentia) от сущности (essentia)» Бога, он был убеждён, что «извлекаемая из собственного сознания (ex cogitatione)» идея Бога (идея, а не непостижимая сущность) позволяет вывести из неё существование Бога. К этому рассуждению Р. Декарт, обсуждая ряд возражений, добавлял другие аргументы: невозможно «мыслить Бога (т.е. наисовершеннейшее бытие) лишённым существования (т.е. некоего совершенства)»; «из того, что мы не можем мыслить Бога без существования, следует, что существование от Него неотделимо, а потому Он действительно существует»; а также: «Мы сотворены не самими собой, но Богом, и потому Он существует» и др., в том числе космологический и исторический.