В XIII в. у западных схоластических богословов все рассмотренные выше традиционные доказательства бытия Божия были упорядочены и формализованы, благодаря чему доказательства достигли совершенства и были сведены к пяти основным видам доказательств бытия Божия, ставшими впоследствии классическими. Большинство средневековых мыслителей согласны в том, что знание о бытии Бога внутренне присуще нашему разуму. По мнению Бонавентуры, такое знание есть врождённое знание, присущее каждому разумному человеку, который имеет естественное стремление к Тому, а также знание и память о Том, по Чьёму образу он сотворён. Кроме того, человеку при любом акте познания бывает присуща некоторая внутренняя интуиция чистого бытия (ipsum esse), которое и есть бытие Божие. Фома Аквинский также отмечает, что всем людям по природе присуще (naturaliter insertum) некое общее (in aliquo communi) и смутное (sub quadam confusione) знание того, что Бог существует. По его мнению, это следует из того, что все люди по природе желают счастья (блаженства, beatitudinem), которое есть своего рода подобие Божьей благости (similitudo divinae bonitatis). А то, что является для человека желанным по природе, должно быть по природе известно ему. Однако при этом человеку известен не Сам Бог, рассмотренный в Себе, но лишь Его подобие, и поэтому такое знание является лишь смутным и не очевидным для большинства людей. Кроме того, Фома отмечает, что самоочевидным (per se notum) нечто может быть двояким образом: либо самоочевидным само по себе (notum per se simpliciter), но не для нас, либо самоочевидным и само по себе, и для нас (quoad nos per se notum). Суждение «Бог существует» является самоочевидным само по себе, поскольку его предикат тождественен субъекту, т.к. Сам Бог есть бытие, т.е. сущность в Нём совпадает с существованием. Но поскольку мы не знаем сущности Божьей самой по себе, это суждение не является самоочевидным для нас, но нуждается в доказательствах, исходящих из более известного нам, т.е. в доказательствах через Его действия в мире. «Онтологическое» доказательство бытия Божия в строгой форме впервые было сформулировано Ансельмом Кентерберийским, хотя его предпосылки были уже у Августина Блаженного. Онтологическое доказательство исходит из априорного понятия Бога как «того, больше чего ничего нельзя помыслить» (id quo nihil majus cogitari potest). Такое понятие не может находиться только в нашем уме (in solo intellectu), поскольку можно помыслить его реально существующим (esse in re), что больше первого. Но в таком случае то, больше чего нельзя ничего помыслить, окажется тем, больше чего нечто можно помыслить. Этот вывод противоречит принятому вначале определению, следовательно, то, больше чего нельзя ничего помыслить, существует и в уме, и в действительности. Можно рассуждать и иначе: то, что нельзя помыслить несуществующим, больше того, что можно помыслить несуществующим. Поэтому если то, больше чего нельзя ничего помыслить, помыслить несуществующим, то оно уже не будет тем, больше чего нельзя ничего помыслить. Следовательно, это наибольшее существует столь необходимо, что его нельзя даже и представить себе несуществующим. Этому доказательству Ансельм приписывал большую ценность и полагал, что оно делает излишними все остальные.