Философ и теолог, систематизатор ортодоксальной схоластики Фома Аквинский (1225/1226–1274 гг.) подчеркивал момент творческой действенности бытия, в полной мере наличный в самом бытии (ipsum esse), т.е. в Боге, как чистый акт (actus pupus). Он же ввёл метод аналогии сущего как способ связи абсолютного бытия и его конечных проявлений. Сложившаяся ещё в античной философии иерархия уровней бытия, нижней границей которой является абсолютное небытие, в верхней – бытие как таковое, в философии Средневековья сливается с иерархией добра и красоты. Бытие, таким образом, понимается как полнота реализации всех стремящихся к совершенству качеств, а небытие отождествляется со злом как полной лишённостью присутствия Бога. Такая онтологическая интерпретация зла служила основой для христианской теодицеи (оправдания Бога), в классическом варианте представленной учителем церкви, виднейшим представителем западной патристики Августином Блаженным (354–430 гг.). Вместе с тем античная триада «Единое – Ум – Душа», в которой бытие в строгом смысле слова являлось второй ипостасью (Ум), оказалась плохой формой для теологического содержания и провоцировала периодически возникавшие (как на Западе, так и на Востоке) богословско-философские конфликты. Мыслители, испытавшие влияние неоплатонизма, тяготели к слиянию диалектики Единого и представлений о Боге (Марий Викторин, «Ареопагитики», Эриугена, Экхарт), но возникавшее при этом разведение понятий бытия и Бога делало эти концепции не вполне ортодоксальными. Более приемлемым было отождествление бытия и Бога, первый (и парадигмальный для многих христианских построений) вариант которого дал иудейско-эллинистический философ, экзегет и теолог Филон Александрийский (около 25 г. до н.э. – около 50 г. н.э.) в толковании на известное библейское самоопределение Бога: «Я есть сущий» (Исх. 3:14). В онтологических построениях одного из виднейших представителей греческой патристики Григория Нисского (около 335 – около 394 гг.), теолога и философа, часто называемого «отцом схоластики» Ансельма Кентерберийского (1033–1109 гг.), а также систематизатора ортодоксальной схоластики Фомы Аквинского богооткровенное имя (Сущий) трактуется как бескачественный предикат, открывающий бытие, но не дающий познания его сущности. Однако и этот вариант теологического истолкования категории бытия вызывал сомнения чрезмерным сближением умопостигаемого абсолюта (каковым традиционно считалось бытие) со сверхразумным божественным абсолютом. Францисканская оппозиция (Иоанн Дунс Скот, Оккам) стремится предельно отдалить разумную необходимость и божественный абсолют, с чем связаны такие концепции, как отождествление сущности и существования, повышение роли сверхразумной воли Бога, учение об «этости», «haeccaitas» предмета, не сливающейся с его эссенциальностью, «чтойностью», «quiditas» (Иоанн Дунс Скот). В философии теолога и кардинала, церковно-политического деятеля Николая Кузанского (1401–1464 гг.) (в первую очередь, в учении о «бытии-возможности», possest) и испанского теолога и философа Франсиско Суареса (1548–1617 гг.) вырабатывается итоговый компромиссный вариант связи категории бытия с основными онтологическими понятиями. Антитомистский аристотелизм францисканца Франсиско Суареса оказал значительное влияние на трактовку бытия в философии Нового времени. Менее влиятельное, но более богатое идеями учение Николая Кузанского о совпадении противоположностей в абсолютном бытии воздействовало на позднейшую онтологическую традицию лишь косвенно и спорадически. Таким образом, средневековая христианская философия в традициях аристотелизма различала действительное бытие (акт) и возможное бытие (потенция), сущность и существование. Всецело актуальным было только бытие Бога.