В это время и получают все свое специфическое значение обрезание и празднование субботы. Потребность религиозного единения вылилась в новую форму – собрания для чтения писания и для молитвы. Так создалась синагога, продолжавшая свое существование и после восстановления храма и имевшая впоследствии громадное значение для иудеев рассеяния и в истории первоначального христианства. Сообразно с обстоятельствами религия меняет свой характер. Сознание близости к Ягве заменяется сознанием удаления от него. Ягве и мир становятся двумя противоположными полюсами. Понадобились посредники между Ним и его творением – ангелы, в чем сознание нашло для себя опору в древних представлениях о сынах божиих, керубах и воинстве небесном. Так как понятия святости и справедливого гнева Ягве выдвигаются теперь на первый план, то все прошлое Израиля начинает представляться как непрерывная цепь падений и греха. Выразителем этих настроений был пророк Иезекииль, величайший индивидуалист из всех пророков, поставивший своей задачей создать из обломков политической общины священную общину. Все прошлое народа представляется ему временем мрака, падения, справедливым следствием чего был плен. Но тем более вверит он, что в будущем Ягве, добровольно отрекшийся от своего города и народа, восстановит славу своего имени (Иез. 38–39). В ожидании лучших времен он набрасывает план организации Израиля в целях его охранения от внешних влияний  и ненарушимости общения со своим Богом (Иез. 40–48). Его мысли нашли практическое применение в Жреческом кодексе. Иезекииль первый выставил принцип индивидуальной ответственности за грех (Иез. 18). Другой современник плена, Второисайя, заканчивает работу пророческой мысли над понятием Бога. Ягве для него – абсолютно возвышенный Бог природы и истории, сущность которого не в его силе и формальной святости, а в нравственном величии. Он спасает помимо всяких заслуг перед ним, по милосердию и через веру принимающих его. Он избавит и свой народ в самом скором времени. Мессию-избавителя Второисайя видел в персидском царе Кире. Вместе с тем он отрицает всякие политические задачи у Израиля. Его задача – хранение заветов своего Бога и служение ему в правде и смирении. Страданием народ искупит вину перед Ним, и потому безропотное подчинение Его суду есть единственный залог воскресения народа. В 538 г. до н.э. царь Кир позволил иудеям возвратиться на родину. Немногие воспользовались на первых порах этим позволением, но среди возвратившихся все же был некоторый подъем духа, выразителями которого являются пророки Аггей и Захария. По их побуждению и под руководством Иисуса и Зоровавеля был выстроен храм. Но это движение вскоре стало замирать. Население было бедное, малочисленное, разрозненное. Храм не оправдал возлагавшихся на него преувеличенных надежд. По-видимому, вообще нельзя было надеяться на лучшее будущее. Против этого уныния восстал в середине V в. до н.э. пророк Малахия. Дело реорганизации наладилось с появлением Ездры и Неемии. Неемия раньше был виночерпием при дворе в Сузах, а Ездра был ученым толкователем закона, книжником, а книжники, бывшие еще при царях, во время плена приобрели особое значение как истолкователи закона и хранители Моисеева предания. Под энергичным руководством этих двух деятелей были восстановлены стены Иерусалима, и город был населен. Они вдохнули мужество в упавших духом, но главным их делом была организация общины. Культ Ягве теперь стал исчерпывающим содержанием жизни народа. Церковь становилась государством, как раньше при Иосии государство хотело сделаться церковью. Основой этой организации послужила принесенная Ездрой из Вавилона книга закона, положенная вместе с Второзаконием в основание библейского канона. На основе этой организации иудейство дожило до окончательного разрушения Иерусалима в 70 г. н.э. В конце IV в. поток эллинистической культуры захватили и иудеев. В разных местах начинают возникать иудейские колонии, из которых самая значительная образовалась в Александрии. Ослабление связи с Ханааном у иудеев рассеяния делало возможным преобразование национальной религии в универсальную. Средством для этого служило эллинистическое образование.