Восточная церковь поставлена в зависимость от папской курии. Однако победа была непродолжительной. В вопросе о новообращённых болгарах даже игнатиане дали решительный отпор притязаниям папы, вследствие чего немедленно после закрытия Собора борьба с Римом должна была возобновиться. Настроение народа и большинства духовенства было решительно на стороне Фотия, который с достоинством, не защищаясь, выслушал приговор Собора и удалился в Скепский монастырь. Точно так же поступили и его приверженцы, отказавшись подписать унизительную, составленную в Риме формулу и подчиниться решению управляемого легатами Собора, чем произвели на народ огромное впечатление, усилившее авторитет Фотия. Благоприятное для него движение усиливалось ещё и фанатизмом Игнатия и его низкопоклонством перед Римом. В лице Фотия лучшие пастыри Восточной церкви чувствовали себя униженными перед ненавистным Западом. Не догматический и обрядовый спор, а глубокая национальная и культурная рознь между Западом и Востоком неминуемо вела к разделению и в церковном отношении. Всё с большей резкостью проявлялось то обособительное движение, которое началось политическим отделением Восточной империи, продолжалось во время христологических споров, усилилось во время иконоборчества и в XI в. завершилось разделением церквей. Император Василий I с течением времени вполне подчинился влиянию Фотия, который был избран на роль воспитателя наследника престола, а после смерти Игнатия, незадолго перед тем примирившегося со своим противником, опять возвёл на патриарший престол Фотия (877 г.). Для укрепления своего положения патриарх пожелал примириться с новым папой, Иоанном VIII (872–882 гг.). По просьбе императора папа прислал своих легатов на Собор, который должен был умиротворить церковь. Но новом Соборе (879–880 гг.) Фотий не только добился признания, что могло быть истолковано в смысле извинения со стороны папской курии, но и настоял на включении в акты Собора (в опровержение предыдущего Собора) восточной формулы об исхождении Святого Духа (только от Отца). Столь же решительное поражение понесли папские легаты и в вопросе о главенстве римского престола, и в болгарском вопросе. Не добившись соглашения, кардинал Марин объявил, что Рим прекращает всякое общение с Фотием; папа Иоанн VIII снова отлучил патриарха от церкви. Даже воцарение миролюбивого императора Льва VI Мудрого (886–911 гг.), заставившего Фотия покинуть патриарший престол в пользу своего 16-летнего брата Стефана I Нового (886–893 гг.), внесло лишь весьма призрачный мир. Вторично низложенный, но сопровождаемый общим сочувствием, Фотий удалился в монастырь, где и умер между 891 и 897 гг. (о последних годах его жизни имеются только скудные и малодостоверные сведения). Однако вторичное низложение Фотия не привело к отречению греческой церкви от своих притязаний; его церковно-политическая программа через несколько поколений была восстановлена с буквальной точностью. Дух Фотия настолько укоренился в Константинопольской церкви, что (несмотря на неоднократную поддержку папских притязаний византийскими императорами) эта церковь могла отражать властолюбивые попытки Рима. Окончательный разрыв церквей совершился при папе Льве IX (1049–1054 гг.) и патриархе Михаиле Керуларии (1043–1054 гг.). Папа тщетно требовал возвращения римской кафедре всех земель, перечисленных в так называемом Константинопольском даре и находившихся во власти императора (земли в Италии), а Михаил Керуларий поручил епископу Охридскому (болгарскому) Льву составить послание с перечислением и осуждением латинских новшеств и послать его епископу Иоанну Транийскому. К упрёкам, сделанным Фотием, здесь были прибавлены новые, особенно против обычая употреблять для евхаристии опресноки. Послание было показано кардиналу Гумберту, который перевёл его на латынь и показал папе, а тот отослал письмо патриарху, требуя объяснений, «как осмелились произносить приговор над кафедрой, которую не позволено судить никому из смертных». Император и патриарх вначале отвечали в примирительном тоне, но в мае 1054 г. в Константинополь прибыли легаты: Гумберт, Пётр, епископ Амальфи, а также кардинал и канцлер римской церкви Фридрих Лотарингский. По настоянию императора, студийский игумен Никита Стифат в присутствии легатов сжёг своё полемическое сочинение, направленное против латинян, хотя это был только ответ на ещё более резкое сочинение Гумберта («Диалог») против послания Льва Охридского. На сожжённое сочинение Гумберт отвечал новым, крайне бранным. Всё это повело к тому, что хотя император Константин IX Мономах (1042–1054 гг.) стоял за легатов, приказывал переводить и распространять в народе сочинения Гумберта, всем стало ясно, что Рим ставит ультиматум: безусловная покорность или разрыв. Оскорблённый патриарх 15 июня отказался продолжать переговоры. На другой день легаты положили всенародно (во время богослужения) на престол храма св. Софии акт отлучения патриарха и его партии, полный грубейших обвинений и бранных слов, и 17 июня уехали из Константинополя. Тогда Керуларий созвал Собор, который произнёс анафему против легатов и разослал окружное послание, предостерегая весь Восток от церковного общения с Римом.