Монета Кукузеля была подвешена к иконе, и от неё, так же как и от образа Божьей Матери, говорят, происходили многие чудеса. В середине XVII в. половина монеты была послана в Россию, впоследствии туда была отправлена и вторая её половина. По другим данным, в 1914 г. монета была послана в Румынию и там утеряна. Икона не раз спасала монастырь от пожаров, а в 1755 г. – от нападения пиратов. По преданию, она является одной из 70 икон, написанных евангелистом Лукой, по другим сведениям, датируется X в. Празднование ей совершается 1 октября. Накануне Рождества Христова, Пасхи и дня памяти преподобного Афанасия икона торжественно переносится в монастырский собор. Икона Божьей Матери «Элеовритисса» находится в одноимённом параклисе в конце площади между кафоликоном и трапезной. В параклисе сорока Севастийских мучеников находится икона Божьей Матери «Ктиторисса», помощница преподобного в устроении обители. Много чудотворных икон находятся или находились в близлежащих скитах и других экзартимах Великой лавры: «Поручительница» (или «Отшельница») – в пещере преподобного Афанасия, икона Божьей Матери из келлии Рождества Богородицы – в Большом скиту св. Анны, «Продромитисса» – в румынском скиту Иоанна Предтечи, «Знаменосная» – в Керасье и др. Одна из чудотворных икон Божьей Матери, именуемая «Сиротой», была найдена в пустой келлии недалеко от Великой лавры будущим иеросхимонахом Антипой Валаамским (ум. в 1882 г.), молдаванином по происхождению, подвизавшимся сначала в Эсфигмене, затем в окрестностях Великой лавры. Лик Богородицы был неразличим из-за копоти, но чудесным образом очистился, будучи омыт водой всего один раз. Сейчас икона находится в Валаамском монастыре. В Великой лавре хранится множество мощей святых и драгоценные реликвии, среди которых три креста с частицами Честного и Животворящего Древа Господня. Самый древний из них, подаренный Афанасию императором Никифором II Фокой (964 г.), находится в двухстороннем ковчеге с надписью X в.: «Кресте Господень, помоги мне, Афанасию монаху». Он украшен 65 драгоценными камнями и византийскими эмалями. Два других креста хранятся в серебряных двухсторонних ковчегах, сделанных в 1794 и 1837 гг. В золотом и серебряном крестообразных ковчегах помимо частиц Честного Древа помещены части тернового венца Спасителя, губки, приношений волхвов и др. Император Никифор II Фока подарил новоустроенной обители главы Василия Великого и мученика Александра Пиднского, император Василий II Болгаробойца и Константин VIII – главы преподобного Михаила, епископа Синадского, и мученика Евстратия, левую руку Иоанна Златоуста, император Константин IX Мономах – главы мученицы Минодоры и преподобного Феодора Освященного вместе с частью главы Феодора Стратилата. В XIX в. архимандрит Вениамин Лавриот, занимавший должность эконома подворья Великой лавры в Молдавии, выкупил у местного турецкого паши главу священномученика Григория, просветителя Великой Армении.