23 июня, в воскресенье, в Великой лавре была отслужена Божественная литургия, которую возглавлял Константинопольский патриарх, Символ веры читал греческий король Павел I. На следующий день в Великой лавре проходило совещание, на котором был поднят вопрос о положении святогорского монашества; в нём участвовали представители большинства поместных церквей, Русскую православную церковь представлял архиепископ Ярославский и Ростовский Никодим (Ротов). Главным результатом совещания стало заявление Константинопольского патриарха о гарантированном приёме в святогорские обители всех монахов, направленных на Афон предстоятелями поместных церквей. 1 июня 1979 г. в Великой лавре было восстановлено общежитие; на тот момент в ней жили 44 монаха по правилам идиоритма: монастырь управлялся не игуменом, а комиссией, состав которой ежегодно обновлялся. В следующем году был принят «Внутренний устав» (72 статьи), регламентирующий основные стороны монастырской жизни. В первой статье сказано, что Великая лавра является «общежительным, самоуправляемым, автономным, самовластным и свободным» монастырём. Далее указаны права Константинопольского патриарха относительно Великой лавры (статья 2), определён порядок избрания игумена (статья 13), перечислены права и обязанности Совета старцев (статьи 4, 7–9) и эпитропов (статьи 17, 18), а также послушания всех членов монашеского братства (статьи 19–44). Особого внимания заслуживает статья 3, в которой проводится чёткое разграничение полномочий управляющих органов: игумен вместе с эпитропами обладает исполнительной властью; игумену принадлежит духовная власть, а Совету старцев – управление и суд. В следующих статьях говорится о послушническом искусе и монашеском постриге, о наказаниях за те или иные проступки, о казне, подворьях, лесах, святынях, зависимых учреждениях, а также о библиотеке и архиве и др. Во «Внутреннем уставе» определён порядок избрания игумена: он избирается из двух заранее выбранных кандидатов, должен отличаться добрым нравом, благочестием, иметь всестороннее образование, возраст не моложе сорока лет и быть постриженным на Афоне, причём предпочтение отдаётся тем, кто провели в обители больше десяти лет. В избрании игумена могут участвовать монахи, которые провели в обители не меньше шести лет после пострига или после вступления в неё. Сначала игуменом Великой лавры был наречён пребывавший в ней на покое митрополит Косский Нафанаил, но он скончался. Первым игуменом воссозданной киновии был избран архимандрит Афанасий (5 июля 1980 г. – 19 октября 1984 г.). Во время его интронизации икона Афанасия в параклисе сорока Севастийских мучеников, над гробницей святого, стала обильно источать благоуханное миро, что было воспринято святогорцами как одобрение долгожданных перемен. Его преемником стал архимандрит Павел (январь 1985 г. – Пасха 1998 г.). В связи с тем, что малочисленной и достаточно престарелой братии Великой лавры с трудом удавалось поддерживать надлежащий порядок, при архимандрите Павле по распоряжению афонского Кинота делались попытки укрепить Великую лавру за счёт приглашённых братств.